| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 426001 = | 221 (1.160) | 12 (0.070) | 7/140 | NT | 6.1% | intergenic (+9/+57) | gpmA_1/USA300HOU_RS02000 | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 426042 = | 177 (1.060) | intergenic (+50/+16) | gpmA_1/USA300HOU_RS02000 | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/hypothetical protein | |||||
AGCCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTTTCAGAACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/426100‑426001‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcagaacctTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAAAATA > USA300TCH1516_ALE/426042‑426130 AGCCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTT < 1:2145664/91‑1 GCCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTTT < 1:2780851/91‑1 GCCATTGGTAGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACAAAGTTTTT > 1:1945662/1‑91 CCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTTTC > 2:3563493/1‑91 CCATTGGGGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAAAACAAAAAGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTTTC < 2:2984386/91‑1 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AGAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGATTCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATACTTGTGCTTGTGAACA < 1:3302114/91‑1 AGAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAGTCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATACTTGTGCTTGTGAACA < 1:3301841/91‑1 AGAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACA > 1:331962/1‑91 AGAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACA > 2:3535517/1‑91 AGAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACA > 2:135439/1‑91 GAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAA > 1:3690031/1‑91 GAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAA > 1:2744863/1‑91 GAACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAA > 1:1745918/1‑91 AACCTTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAAA < 1:667747/91‑1 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AGCCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAAATTCCAAATGAAAAAAAGGTTCTGAAGGCCGCTATAAAACACAGTTTTTCAGAACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/426100‑426001‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcagaacctTTTTTTCATTTGGAATTTAAGGGGAATCATTCTTTTCAACAGACTTACCACCAATGGCTAATGTGATAATTGTGCTTGTGAACAAAATA > USA300TCH1516_ALE/426042‑426130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |