| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 441303 | 165 (0.870) | 24 (0.140) | 17/142 | NT | 13.8% | intergenic (+20/+93) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 441313 | 154 (0.910) | intergenic (+30/+83) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein | |||||
GTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/441206‑441303‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccaccCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGTTGA < USA300TCH1516_ALE/441313‑441225 GTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACGTCAAAACCGCCAGGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAA < 1:3096003/91‑1GTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAA > 1:456084/1‑91GTAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAA < 2:448128/91‑1 TAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAA < 2:1749763/91‑1 TAAACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAA < 2:3774034/91‑1 AACGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAAC < 1:2776799/91‑1 CGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCA < 2:3852987/91‑1 CGAAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCA < 2:2253735/91‑1 AAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACC > 1:1667334/1‑91 AAGTAGATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACC < 2:203027/91‑1 ATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCA < 2:1521190/91‑1 ATCACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCA < 1:2663207/91‑1 cacaTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAA < 2:3013085/87‑1 CACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAA < 2:108363/91‑1 ACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCGCCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAAC < 2:717975/91‑1 ACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAAC < 2:2686424/91‑1 ACGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAAC < 1:1204736/91‑1 GTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAG < 1:1059574/91‑1 GTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAG > 1:2442427/1‑91 GTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAG < 2:3210078/91‑1 CAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGT < 2:2639150/91‑1 CAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGT < 2:1174641/91‑1 AACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTG < 2:2712354/91‑1 ACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG < 1:2858044/91‑1 ACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG < 1:2858058/91‑1 CCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGT < 2:276097/91‑1 TAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTAT < 1:1484296/91‑1 AGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATT < 1:362018/91‑1 CCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAA > 2:2442427/1‑91 CAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGG > 2:2005070/1‑91 TGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGc > 2:757536/1‑90 GTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTT > 1:3653547/1‑91 TTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGT > 1:2635491/1‑91 ATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCA > 1:1041525/1‑91 AAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACG < 2:1704487/91‑1 AAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACG < 2:1704528/91‑1 AAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACG < 2:1152032/91‑1 AAACCACCCGTGTAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGATTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC < 2:3221284/91‑1 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC < 1:2298859/91‑1 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC > 1:385504/1‑91 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC > 1:1210780/1‑91 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC < 2:3104902/91‑1 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC > 2:2258/1‑91 AAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGC > 1:3140362/1‑91 AACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCG < 1:2717546/91‑1 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG < 1:2282960/91‑1 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG < 1:1941878/91‑1 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG > 1:2865366/1‑91 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG > 1:1250744/1‑91 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG > 1:1498403/1‑91 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG > 1:1482535/1‑91 ACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTACTTGGCGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG > 2:3832280/1‑91 ACCACCCATGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGG < 1:1941912/91‑1 CCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGT < 2:2075310/91‑1 CCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGT > 1:52779/1‑91 CACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGTT > 1:349378/1‑91 CACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGTT > 1:349347/1‑91 ACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGTTG < 1:3538674/91‑1 CCCGTGCAAACAGGTGGTTTTATTATATATAATTATTCCCACTCAATTGTGCTTGGTGGTTTTGATGTAATGTCATAGACTACGCGGTTGA > 1:1572895/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |