| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 441303 | 165 (0.870) | 24 (0.140) | 17/142 | NT | 13.8% | intergenic (+20/+93) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 441313 | 154 (0.910) | intergenic (+30/+83) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGTCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAG > USA300TCH1516_ALE/441223‑441403 | tCAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGgg > 1:1572895‑M2/1‑89 (MQ=255) cAACCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggt < 1:3538674‑M2/91‑4 (MQ=255) aaCCGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtg > 1:349347‑M2/1‑87 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCATGggtggt < 1:1941912‑M2/91‑7 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt > 1:2865366‑M2/1‑85 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt > 1:1482535‑M2/1‑85 (MQ=255) ccGCGTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggt > 1:1498403‑M2/1‑85 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAATCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTACACGggtggttt < 2:3221284‑M2/91‑9 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggttt > 1:385504‑M2/1‑83 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggttt < 1:2298859‑M2/91‑9 (MQ=255) gcgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggttt < 2:3104902‑M2/91‑9 (MQ=255) cgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggtttt < 2:1704528‑M2/91‑10 (MQ=255) cgTAGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGggtggtttt < 2:1152032‑M2/91‑10 (MQ=255) aGTCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTaa > 1:229223/1‑91 (MQ=255) tCTATGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAtt < 1:798544/91‑1 (MQ=255) cTACGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAAttt < 1:3053197/91‑1 (MQ=255) tGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGag > 2:780450/1‑91 (MQ=255) tGACATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGag > 1:3701443/1‑91 (MQ=255) aCATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagta > 1:1863776/1‑91 (MQ=255) cATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtag > 1:3653737/1‑91 (MQ=255) cATTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtag > 1:2575939/1‑91 (MQ=255) aTTACATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGagtagt < 1:319177/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg < 2:2235977/91‑1 (MQ=255) aCATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTgg < 2:3282762/91‑1 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGa > 1:1603047/1‑91 (MQ=255) cATCAAAACCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATCTGAGTAGCTGGa > 2:2664260/1‑91 (MQ=255) aaaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAt < 1:453170/91‑1 (MQ=255) aaaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAt < 1:3377456/91‑1 (MQ=255) aaaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAt < 1:885547/91‑1 (MQ=255) aaaCCACCAAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAtt > 2:1073759/1‑91 (MQ=255) gccaccaaGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAggtggttttattatatataattattcccactca > 2:757536‑M2/2‑58 (MQ=255) caccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACaa > 2:2272368/1‑91 (MQ=255) accaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAAt > 2:143590/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATa > 2:1501606/1‑91 (MQ=255) ccaAGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCCGTGCAAACAggtggttttattatatataattattcccactcaattg > 2:2005070‑M2/1‑54 (MQ=255) caAGCACAAGTGAGCGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTGTGCCCGGGTGGGTTTTAATTTGAGAAGTTGGAAAATTACACTaa > 2:3865572/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGTAAAATTACAATAAgg < 2:1554792/91‑1 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 1:2534022/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 2:2800150/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 1:2091437/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 1:1096524/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 1:3267693/1‑91 (MQ=255) aGCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAgg > 1:310582/1‑91 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa > 2:1027362/1‑91 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa < 2:712334/91‑1 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa > 1:2332675/1‑91 (MQ=255) gCACAATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGa < 1:27582/91‑1 (MQ=255) cacaATTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGAc < 2:1609783/91‑1 (MQ=255) acaTTTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAGTTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACg < 1:3498982/91‑1 (MQ=255) aaTTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGa < 1:2276593/91‑1 (MQ=255) aTTGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaa > 2:818339/1‑91 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa > 2:516541/1‑91 (MQ=255) ttGAGTGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGaaa > 1:2853993/1‑91 (MQ=255) tGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg < 2:2547753/91‑1 (MQ=255) tGGGAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAgggg < 1:1756930/91‑1 (MQ=255) gggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGt < 2:2835794/91‑1 (MQ=255) ggAATAATTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa > 2:269540/1‑91 (MQ=255) ggAATAATGATATCTAATGAAGCCACCTGTTTGAACGGGTGGTTTTAAATTTGAGTAGTTGGACAATGACAATAAGGACGGAAAAGGGGTa < 2:3621058/91‑1 (MQ=255) taatTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTATTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACGATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgt > 2:3612159/1‑91 (MQ=255) atTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt < 1:1924706/91‑1 (MQ=255) atTATATATAATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGgtgt > 1:1318489/1‑91 (MQ=255) tatgtataATAAGTCCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAAGTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTc < 2:1184853/91‑1 (MQ=255) atatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCt < 2:2629967/91‑1 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTa < 1:3214268/91‑1 (MQ=255) tatataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTa > 1:333984/1‑91 (MQ=255) atataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTaa > 2:1080365/1‑91 (MQ=255) tataATAAAACCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAg < 1:2391030/91‑1 (MQ=255) aataaAACCACCTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagact < 1:362018‑M2/91‑70 (MQ=255) ataaAACCCCCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTg < 1:711815/91‑1 (MQ=255) aaaaCCACCTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCg > 1:414131/1‑91 (MQ=255) 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ccaccTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGcttt > 1:3125695/1‑91 (MQ=255) caccTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTa < 2:3757131/91‑1 (MQ=255) accTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttg < 2:1174641‑M2/91‑79 (MQ=255) accTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTaa < 1:2208409/91‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAt > 1:1778532/1‑91 (MQ=255) cTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac > 1:2442427‑M2/1‑11 (MQ=255) cTGTTTGCACGggtggttttattatatataattattcccactcaattgtgcttggtggttttgatgtaatgtcatagactacgcggttgac < 1:1059574‑M2/91‑81 (MQ=255) cTGTTTGCACGGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAATGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAtt > 2:3420941/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |