| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 633323 | 138 (0.720) | 17 (0.110) | 11/134 | NT | 11.5% | intergenic (+47/‑497) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 633340 | 146 (0.920) | intergenic (+64/‑480) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
ATTATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/633221‑633323‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcactttaaagTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC < USA300TCH1516_ALE/633340‑633251 ATTATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATA > 2:386839/1‑91 TATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAG < 2:1779372/91‑1 TATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAG < 1:2140257/91‑1 TATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAG < 1:2140229/91‑1 TATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAG > 1:1550679/1‑91 ATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGC > 1:2260145/1‑91 ATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGC > 1:542847/1‑91 ATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGC < 2:2068989/91‑1 ATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGC > 2:2875778/1‑91 ATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGC > 2:3049758/1‑91 TGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCA > 1:1915832/1‑91 TGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCA < 2:3526070/91‑1 CAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACT > 1:1919329/1‑91 AGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTT < 1:468900/91‑1 GAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTT < 1:300245/91‑1 GAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTT < 1:809819/91‑1 GAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTT < 1:2228389/91‑1 AACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTA > 2:1821170/1‑91 AACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTA > 2:1958383/1‑91 ACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAA > 2:1907216/1‑91 CATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAA < 1:831599/91‑1 CATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAA < 1:25829/91‑1 CATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAA < 1:22652/91‑1 CATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAA > 2:286609/1‑91 ATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAG > 1:477640/1‑91 ATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAG > 1:1958697/1‑91 ATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAG > 1:1957309/1‑91 GGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGC < 2:412089/91‑1 GGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGC < 2:412112/91‑1 GTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCT < 2:3395329/91‑1 GTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCT < 1:1868472/91‑1 TGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTT < 2:11067/91‑1 TGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTT < 2:11144/91‑1 AAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTGAAGT < 1:3056722/91‑1 AAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGT > 2:619332/1‑91 GAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCT < 1:2422567/91‑1 ACGTAAGAATTCGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTA < 1:3524597/91‑1 ACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTA < 1:3524313/91‑1 AGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATAC < 1:2605040/91‑1 TTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATAC < 1:1248756/91‑1 TAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTT < 1:1238331/91‑1 AAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTAT < 1:619332/91‑1 AAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTAT < 1:502765/91‑1 GTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCT > 1:1149587/1‑91 AGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTC > 1:2195615/1‑91 AGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTC > 2:2001799/1‑91 AGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTC > 1:2895661/1‑91 AGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTC > 2:3686249/1‑91 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT < 1:667431/91‑1 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT < 1:13854/91‑1 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT < 1:1755790/91‑1 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT < 1:665647/91‑1 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT < 1:2711143/91‑1 GCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCT > 1:502737/1‑91 ACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTT < 1:447098/91‑1 ACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTT < 2:2677525/91‑1 ACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTT > 1:2939609/1‑91 ACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTT < 2:502765/91‑1 CTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTA > 1:3852199/1‑91 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TAAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACC < 1:2747325/91‑1 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCC < 2:1822058/91‑1 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATGTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCC < 2:2998283/91‑1 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATGTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCC < 2:2998494/91‑1 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTCTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAATATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCC > 2:2764026/1‑91 AAAGTTAGCAGAACCTACTAGCTCTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCC > 2:2481125/1‑91 AAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCA < 2:1330542/91‑1 AAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCA > 1:3810250/1‑91 AAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCA < 1:746735/91‑1 AAGTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCA < 1:1241545/91‑1 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC < 1:3625697/91‑1 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC > 1:782949/1‑91 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC > 1:781270/1‑91 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC < 2:430609/91‑1 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC < 1:663246/91‑1 GTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC > 1:508531/1‑91 ATTATGCAGAACATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/633221‑633323‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcactttaaagTTAGCAGAACCTACTAGCTTTAAAGTGCTTATATACGATTGATTTATACTTTTTATTAAAATCTCTAATTCTTACGTTCTTTAACCCACC < USA300TCH1516_ALE/633340‑633251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |