| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 633323 | 138 (0.720) | 17 (0.110) | 11/134 | NT | 11.5% | intergenic (+47/‑497) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 633340 | 146 (0.920) | intergenic (+64/‑480) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
ATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACT > USA300TCH1516_ALE/633233‑633413 | cattgcgataatcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAg < 1:368406‑M1/13‑1 (MQ=255) ccAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCt > 2:3055907/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCtag < 2:1873505/91‑1 (MQ=255) aagaagCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCtagta > 2:2097116/1‑91 (MQ=255) gaagCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAGGCACTTTAAAGCTAGTAgg < 1:3242154/91‑1 (MQ=255) agCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGtt < 1:3055907/91‑1 (MQ=255) tcattgcagtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTAAAAGCTAGTAGGTTc > 2:2969734‑M1/68‑91 (MQ=255) gCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTc > 2:1086571/1‑91 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt > 1:73501/1‑91 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt > 2:825728/1‑91 (MQ=255) cATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCt > 1:1970981/1‑91 (MQ=255) cATTACGGTGGGTTAAAGAAAGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATAAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGAAGGTACt > 2:592824/1‑91 (MQ=255) ttATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGc > 1:1581510/1‑91 (MQ=255) tATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCt < 1:55218/91‑1 (MQ=255) ggtggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAAc < 2:430609‑M2/91‑2 (MQ=255) ggtggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAAc > 1:508531‑M2/1‑90 (MQ=255) agtgggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAAc > 2:1126097‑M1/61‑91 (MQ=255) gtggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGttagcagaacctactagct < 2:3395329‑M1/91‑20 (MQ=255) tggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActt < 2:1330542‑M2/91‑4 (MQ=255) tggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActt > 1:3810250‑M2/1‑88 (MQ=255) tggGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActt < 1:746735‑M2/91‑4 (MQ=255) gggggtttatgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACttt > 2:2544534‑M1/58‑91 (MQ=255) ggTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActtta < 1:2747134‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGTTAGCAGAACCTACTAGctttaaagt < 2:502765‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagt < 2:2677525‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagt > 1:2939609‑M2/1‑82 (MQ=255) aGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgc < 1:13854‑M2/91‑12 (MQ=255) aGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgc < 1:1755790‑M2/91‑12 (MQ=255) aGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgc < 1:2711143‑M2/91‑12 (MQ=255) gAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGttagcagaacctactagctttaaagtgct < 1:2422567‑M1/91‑30 (MQ=255) gAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgct > 2:2001799‑M2/1‑79 (MQ=255) gAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgct > 2:3686249‑M2/1‑79 (MQ=255) gAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgct > 1:2195615‑M2/1‑79 (MQ=255) atgtatatacaaaaactttattacggctaattacagttctcaatttaaaAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCt > 1:183590‑M1/50‑91 (MQ=255) cGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCtttt < 1:472592/91‑1 (MQ=255) ggaaGAATTAGAGATGTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCttttt < 1:399196/89‑1 (MQ=255) aGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTaaa < 2:286579/91‑1 (MQ=255) aGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTaaa > 1:1159106/1‑91 (MQ=255) gAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAt < 2:542847/91‑1 (MQ=255) gAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAt > 2:3781601/1‑91 (MQ=255) gAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAt < 2:14618/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTg < 1:3467303/91‑1 (MQ=255) tttAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTa < 2:2436447/91‑1 (MQ=255) ttAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGttagcagaacctactagctttaaagtgcttatatacgattgatttatac < 1:1248756‑M1/91‑50 (MQ=255) taataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAt > 2:1251509/1‑91 (MQ=255) taataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAt < 1:3807078/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAtt > 2:2768710/1‑91 (MQ=255) aataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAtt > 1:2178255/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgcttatatacgattgatttatacttt < 1:502765‑M2/91‑36 (MQ=255) ataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTa > 2:3466784/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTa > 2:3681685/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 2:1919329/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 1:1553467/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 1:442137/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgcttatatacgattgatttatacttttta < 1:1238331‑M2/91‑39 (MQ=255) aGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGta < 2:295839/91‑1 (MQ=255) gTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:208153/1‑91 (MQ=255) gTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:2531307/1‑91 (MQ=255) tataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaat < 2:3505592/91‑1 (MQ=255) tataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:1918835/1‑90 (MQ=255) ataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaata > 1:866571/1‑91 (MQ=255) taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaataa > 1:2628619/1‑91 (MQ=255) 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atcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttttt > 1:2223239/1‑91 (MQ=255) tcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTg < 2:1609442/91‑1 (MQ=255) atataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtata > 1:3535009/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgt < 1:3524313‑M2/91‑61 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc > 2:373784/1‑91 (MQ=255) AAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACa < 1:2095249‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCACTTTAAAGttagcagaacctactagctttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgttc > 1:2895661‑M1/1‑12 (MQ=255) gCACTTTAAAGttagcagaacctactagctttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgttct > 1:502737‑M1/1‑11 (MQ=255) 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AAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCa > 2:314283‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgttctttaacccac < 1:1868472‑M2/91‑73 (MQ=255) AGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCAc < 2:3875818‑M1/91‑1 (MQ=255) gttagcagaacctactagctttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgttctttaacccacc > 1:782949‑M1/1‑1 (MQ=255) gCTAGTAGGTTCTGCTAActttaaagtgcttatatacgattgatttatactttttattaaaatctctaattcttacgttctttaacccacc < 2:412089‑M2/91‑74 (MQ=255) GCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACt < 1:1276991‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATCCAAAAGAAGCATTATGGTGGGTTAAAGAACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACT > USA300TCH1516_ALE/633233‑633413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |