| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 682231 | 188 (0.990) | 24 (0.140) | 14/140 | NT | 12.1% | intergenic (‑73/+36) | USA300TCH1516_00616/rcsF_2 | hypothetical protein/Outer membrane lipoprotein RcsF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 682253 | 186 (1.120) | intergenic (‑95/+14) | USA300TCH1516_00616/rcsF_2 | hypothetical protein/Outer membrane lipoprotein RcsF | |||||
TTCTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACTCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/682132‑682231‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcaactcccTATACGCTTTAGCGATGGTATCGGGAGTTGATGAACATATATCCTCTTATAACTTATTTTATAAATAACCTTTTTAAAAGTAAAGGAGGA < USA300TCH1516_ALE/682253‑682164 cTCTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCA < 2:3842891/90‑1TTCTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTTATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCA > 2:3566669/1‑91TTCTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCA < 2:455583/91‑1TTCTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCA < 2:3842892/91‑1 CTTTACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATC < 2:763828/91‑1 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ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT > 2:1897639/1‑91 ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT > 1:3713250/1‑91 ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT < 1:628991/91‑1 ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT > 1:1819757/1‑91 ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT > 1:1819556/1‑91 ACGTTTTTTTCTTTTTTTCATGCATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACT < 2:3119606/91‑1 CGTTTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACTC > 1:2436193/1‑91 CGTCTTTTTCTTTTTTTCATGTATATCCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACTC > 2:3443005/1‑91 GTTTTTTTTTTTTTTGCATGTATATGCTCCTTTACTTTTAAAAAGGTTATTTATAAAATAAGTTATAAGAGGATATATGTTCATCAACTCC < 2:3368891/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |