| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 151 (0.790) | 13 (0.080) | 9/134 | NT | 9.4% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 124 (0.780) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/885287‑885389‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcgttatacaAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < USA300TCH1516_ALE/885408‑885319 TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGTAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA < 1:3622508/91‑1TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA > 2:1851740/1‑91TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATA > 2:1851997/1‑91 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 1:641502/91‑1 AATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAA < 1:1295076/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:918374/91‑1 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA > 2:1033547/1‑91 ATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAA < 1:1665366/91‑1 TATCGGTAGTTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGAGAATGGAACATTTAGATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:911844/91‑1 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGTAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:3406303/91‑1 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG > 2:3545608/1‑91 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG > 2:1227757/1‑91 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:79238/91‑1 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:80688/91‑1 TATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAG < 2:910343/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 2:939498/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 2:916488/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 2:939473/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 1:3794406/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC < 1:1006688/91‑1 ATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGC > 1:138627/1‑91 TCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCG < 1:3401209/91‑1 CGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGT < 1:2054924/91‑1 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:1022040/1‑91 GGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTT > 1:3858354/1‑91 TAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTAT < 1:1722759/91‑1 TAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTAT < 2:3793761/91‑1 AATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA < 2:1864865/91‑1 AATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA > 2:3869856/1‑91 AATTGTAATATCCAGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATA > 1:2571200/1‑91 ATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC > 1:3082162/1‑91 ATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC < 1:195390/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 1:3600594/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:3557412/1‑91 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:438380/91‑1 TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACAGTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAAGAAAGCGTTATACA < 1:2554543/91‑1 GTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:2703610/1‑89 GTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA < 2:2703610/89‑1 TTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTC < 1:876328/91‑1 TTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTC < 1:877265/91‑1 TGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCT < 1:3053056/91‑1 ATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 1:3699715/91‑1 ATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATG < 1:2163010/91‑1 TATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGT < 2:3322472/91‑1 TGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTAT < 2:475884/91‑1 TGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTAT < 2:324844/91‑1 ACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAA < 2:65985/91‑1 ACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAA < 2:1535124/91‑1 GGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTT < 1:3773722/91‑1 ATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATA < 1:3692583/91‑1 TCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATAC‑ATAGACACAAGTATGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTC > 2:842043/1‑91 AAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC > 1:3612337/1‑91 AAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC > 1:2465047/1‑91 AAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC > 2:435729/1‑91 AAGCGGTATACAAAAGACATACTTGAGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATGAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCC < 1:3611158/91‑1 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 1:2257703/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA < 1:3514005/91‑1 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 2:1803988/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA > 2:1803923/1‑91 AGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCA < 2:1743670/91‑1 GCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCAT < 1:3345831/91‑1 GCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCAT > 2:885032/1‑91 GCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCAT < 2:209028/91‑1 GCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCAT < 2:1847802/91‑1 CGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATT < 1:3265583/91‑1 GTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTG > 2:605265/1‑91 TTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGT > 2:3557412/1‑91 TATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTC > 1:1354426/1‑91 ATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCA > 2:2774985/1‑91 TACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCAT > 2:208747/1‑91 TACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCAT > 1:1628718/1‑91 TACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCAT > 2:1984281/1‑91 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA > 2:1492055/1‑91 ACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATA > 2:325923/1‑91 CAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATAT < 2:2071414/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 2:3742713/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:3023929/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:2436122/91‑1 AAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < 1:1262545/91‑1 TAATATCGGTAATTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/885287‑885389‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcgttatacaAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAACAAATTTAAATGTTCCATTGTCATATT < USA300TCH1516_ALE/885408‑885319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |