| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 151 (0.790) | 13 (0.080) | 9/134 | NT | 9.4% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 124 (0.780) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
AATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATT > USA300TCH1516_ALE/885319‑885498 | atgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtttt > 1:3345051‑M1/59‑91 (MQ=255)atgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtttt > 2:2647956‑M1/59‑91 (MQ=255)atgatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtttt > 1:1762056‑M1/59‑91 (MQ=255)aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:2436122‑M2/91‑2 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt > 2:1492055‑M2/1‑88 (MQ=255) gatattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACGAGTATGTCTTTTGt > 2:456604‑M1/57‑91 (MQ=255) atattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGta > 2:1271162‑M1/56‑91 (MQ=255) atattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatatagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGta > 2:3405213‑M1/56‑91 (MQ=255) atGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgta > 2:208747‑M2/1‑87 (MQ=255) tattacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGtat > 1:1533185‑M1/55‑91 (MQ=255) ttacaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATaa > 1:1254458‑M1/53‑91 (MQ=255) aCAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataa > 2:3557412‑M2/1‑84 (MQ=255) cAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataac > 2:605265‑M2/1‑83 (MQ=255) acaaaaacttattcaattattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACg > 1:729226‑M1/51‑91 (MQ=255) 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ctgattcagtgattattctaaagcgttatgtagttgtattttaAAAGCGTTATACAGAGACACAAGTATGTCTGTTGTATAACGCTTTTaa > 2:1637351‑M1/44‑91 (MQ=255) cATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaa < 1:1176819/91‑1 (MQ=255) cATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaa > 2:699300/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa > 2:171474/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 2:2339220/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 2:2571200/91‑1 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 1:529921/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:3571476/1‑91 (MQ=255) ttgttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACt > 1:85398/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc < 2:2714048/91‑1 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc < 1:457102/91‑1 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc > 2:2932739/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:333783/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:671426/1‑91 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa < 1:3635741/91‑1 (MQ=255) ttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACa > 2:3178983/1‑91 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 1:2256449/91‑1 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt > 1:1722003/1‑91 (MQ=255) tgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACAt < 2:3117039/91‑1 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACATACTTGTGTCTATgtataacgctttatttattataaatttgga > 2:842043‑M2/1‑61 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa > 2:2765982/1‑91 (MQ=255) gAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATa < 2:3667647/91‑1 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc < 1:368287/91‑1 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc > 1:3860857/1‑91 (MQ=255) ttAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACg < 2:1157378/91‑1 (MQ=255) ttAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGACTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACg < 1:3285446/91‑1 (MQ=255) aaTTGATCCAAATTTATAAGAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTATTTTGTATAAAGCTTTTAGAATACAACTACATAACGCt < 2:821548/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 2:1322227/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 2:1526674/91‑1 (MQ=255) ttGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCttt < 1:3037074/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:2334514/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataat > 2:2228101/1‑91 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat > 2:1067396/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg < 2:1984140/91‑1 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa < 2:2854647/91‑1 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:3574841/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:1616235/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa < 2:3468631/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 2:2418990/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1121564/91‑1 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 2:2749721/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa > 1:3128302/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATa < 1:2301475/91‑1 (MQ=255) ataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGt < 2:1929087/91‑1 (MQ=255) AAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttt > 2:1197739‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcc < 1:3773722‑M2/91‑61 (MQ=255) AAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtttt > 1:247867‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGttttt < 2:168790‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |