| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 932471 | 154 (0.810) | 17 (0.110) | 15/136 | NT | 10.6% | intergenic (+17/+246) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 155 (0.960) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/932370‑932471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatagcacataCGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < USA300TCH1516_ALE/932493‑932404 GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA < 2:28016/91‑1 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATATAA > 1:1854037/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 1:3609257/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 2:765976/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 2:765632/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 2:3570012/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 1:23429/1‑91 AAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 2:1204602/1‑91 AAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAA > 1:1913402/1‑91 AGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAAT < 2:2268006/91‑1 GGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATA < 1:2804340/91‑1 GGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGCAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATA > 1:3110131/1‑91 GTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAG < 1:2441877/91‑1 TGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCA < 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1:2815613/91‑1 GTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT > 1:2079410/1‑91 GTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT < 1:1500777/91‑1 GTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACAT > 2:1444330/1‑91 TTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGCACCACCACCCGAAGTAGATAAACCCACAAATTAAA‑‑ATACCCATAGCCCATA > 2:320215/1‑91 TTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA > 2:320216/1‑91 TTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA > 2:320179/1‑91 AATTCCAAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCG < 2:1596082/91‑1 TGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTG < 2:2533766/91‑1 GCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGA < 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2:2645923/91‑1 CCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTT < 2:941797/91‑1 AACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATT < 2:1730941/91‑1 TGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTA < 2:379168/91‑1 GAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTT < 2:1854037/91‑1 ATAAACCTAAAAATGAAA‑‑ATACAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATC < 1:1362865/91‑1 AAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTGACCT > 1:1457159/1‑91 AAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCT < 1:2931429/91‑1 AATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTT > 1:1456355/1‑91 ATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCATGTTGTGGTTCACCTTT > 2:2971316/1‑91 ATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTT < 1:3774146/91‑1 ATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTT < 2:1016566/91‑1 ATAGCACATACGCTCAATCAAAAGTGTTGAGTTATGTGCTATTGGTATTTTAATGTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTGCACCTTT < 2:3610864/91‑1 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTC < 2:2402963/91‑1 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTC < 2:2403080/91‑1 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTC < 2:2402869/91‑1 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTC < 2:2402596/91‑1 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAAT > 1:824476/1‑53 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAAT < 2:824476/53‑1 ttaACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCA < 1:1511006/88‑1 AGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCA < 2:969226/91‑1 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA < 1:3043121/91‑1 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 2:3169072/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 2:261080/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATA > 2:260811/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATAT > 1:2165525/1‑91 CATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATG > 2:2794644/1‑91 CATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATG > 2:2794411/1‑91 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ACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTGATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < 1:593571/91‑1 ACGCGCAATCAAAATCGTTGAGGTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < 1:593559/91‑1 GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/932370‑932471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatagcacataCGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAGGTTGTGGTTCACCTTTCATATGTTT < USA300TCH1516_ALE/932493‑932404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |