| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 932471 | 154 (0.810) | 17 (0.110) | 15/136 | NT | 10.6% | intergenic (+17/+246) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 932493 | 155 (0.960) | intergenic (+39/+224) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
TTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAAT > USA300TCH1516_ALE/932381‑932561 | tttATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATA > 2:320179‑M1/1‑91 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 2:584543/91‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 2:661941/91‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 1:100356/91‑1 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACt > 2:888223/1‑91 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACt > 1:399835/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGAAAAACATAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACg < 2:1917409/91‑1 (MQ=255) gAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAtt < 2:1565584/91‑1 (MQ=255) cAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttg > 2:3497210/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgat < 1:765002/91‑1 (MQ=255) tGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattga < 2:1109766/91‑1 (MQ=255) gCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttga < 1:2967558‑M1/91‑21 (MQ=255) cGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGc > 1:3695932/1‑91 (MQ=255) gAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCg > 2:3012518/1‑91 (MQ=255) 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tGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgttaa < 1:1511006‑M2/91‑9 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgcta < 1:1961166‑M1/91‑32 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtgcta < 2:2402963‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACt > 2:2392630/1‑62 (MQ=255) aGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtgctattt < 1:2931429‑M2/91‑13 (MQ=255) ggTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttg < 1:1145676‑M1/91‑36 (MQ=255) tGAACTACAACCTGAAGTAGATGAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta < 2:3134894/91‑1 (MQ=255) aagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta > 2:1768345‑M1/43‑91 (MQ=255) gAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtat > 1:2741266/1‑91 (MQ=255) aCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTatat > 1:84164/1‑91 (MQ=255) aCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTatat > 2:2013049/1‑91 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtatttt < 2:2645923‑M1/91‑42 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtatttt < 2:941797‑M1/91‑42 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt > 2:1713413/1‑91 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 2:1644722/91‑1 (MQ=255) catattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt > 1:1454197‑M1/38‑91 (MQ=255) catagtactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt > 2:3527431‑M1/38‑91 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 2:2265588/91‑1 (MQ=255) acaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtttt > 1:3121583/1‑91 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttg > 1:800827/1‑61 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa > 2:1841889/1‑91 (MQ=255) tGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatgtgctatttgtattttaattttta < 2:379168‑M1/91‑50 (MQ=255) tGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAttt > 1:2686008/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:2290323/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |