| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 103 (0.540) | 16 (0.100) | 8/138 | NT | 13.9% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 109 (0.660) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
TTTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/954464‑954365‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTG > USA300TCH1516_ALE/954407‑954495 TTTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAA < 1:3442072/91‑1TTTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAA > 2:1560922/1‑91 TTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAG > 1:2953514/1‑91 TTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTGACAGTCAACTACTGCTAAAATTAAAGTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAG < 1:3099301/91‑1 TGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGC < 2:578566/91‑1 TGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGC < 1:3391347/91‑1 TGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGC < 1:2741887/91‑1 TGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGC < 1:2742028/91‑1 AAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTC < 2:514553/91‑1 AAGGGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGT < 2:1310606/91‑1 AAGATCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGTGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGT < 2:610491/91‑1 AAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGT < 1:2964001/91‑1 AGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTT > 1:1129496/1‑91 GAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTA > 2:1585659/1‑91 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GCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCA > 1:1217001/1‑91 GCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCA > 1:1272364/1‑91 GCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCA > 1:1512570/1‑91 TTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAA > 1:667066/1‑91 TAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAA > 2:3480046/1‑91 AGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAA > 1:2368386/1‑91 GGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAAT > 2:1357926/1‑91 GGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAAT > 1:1218683/1‑91 GGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAAT > 2:2875852/1‑91 CAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACA < 1:3191785/91‑1 AAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAG > 2:3324002/1‑91 AAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAG > 2:3323932/1‑91 AGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGA > 2:3135757/1‑91 AGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGA > 2:2735858/1‑91 AGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGAAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCCCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGA > 2:887231/1‑91 GCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACATTGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAG > 2:1517983/1‑91 GCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAG < 1:277314/91‑1 CTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGG > 2:3378638/1‑91 CTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTCTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGTCCCAACACAGAGG > 1:3881158/1‑91 TCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGC > 1:2810653/1‑91 CGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCT > 1:1927382/1‑91 GTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTG > 2:1860215/1‑91 GTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTG > 2:1359389/1‑91 GTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTG > 2:1358484/1‑91 TAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGT < 1:2547282/91‑1 TAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGT > 2:1616603/1‑91 AATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTG > 1:1571189/1‑91 TTTGAAAAGAGCGTGTTACACGGGCATTGTTTTACAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/954464‑954365‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTG > USA300TCH1516_ALE/954407‑954495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |