| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 103 (0.540) | 16 (0.100) | 8/138 | NT | 13.9% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 109 (0.660) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ATGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCT > USA300TCH1516_ALE/954275‑954455 | aTGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATT < 1:2521398‑M1/91‑1 (MQ=255)aTGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATT > 1:1141467‑M1/1‑91 (MQ=255) caccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaatt > 1:1571189‑M1/90‑91 (MQ=255) accagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTa > 2:1616603‑M1/89‑91 (MQ=255) agaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAA < 1:2066522‑M1/91‑1 (MQ=255) gaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAAC < 1:2052097‑M1/91‑1 (MQ=255) gaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAAC < 2:168670‑M1/91‑1 (MQ=255) cagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAAc > 2:1358484‑M1/87‑91 (MQ=255) cagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAAc > 2:1860215‑M1/87‑91 (MQ=255) agcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACg > 1:1927382‑M1/86‑91 (MQ=255) aCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACG < 2:3640309‑M1/91‑1 (MQ=255) gcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGa > 1:2810653‑M1/85‑91 (MQ=255) ctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcaatgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGc > 2:1517983‑M1/83‑91 (MQ=255) tctgtgttggggccccgactatttttgaaaagggcgtgttacacgggcattgttttacagtcaacttctgctaaaataaaaTTAACGAGCt > 2:887231‑M1/82‑91 (MQ=255) tctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCt > 2:3135757‑M1/82‑91 (MQ=255) gcagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCT < 1:1434359‑M1/91‑1 (MQ=255) ctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCtt > 2:3324002‑M1/81‑91 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 2:1772785‑M1/1‑91 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 1:1306863‑M1/1‑91 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 1:922506‑M1/1‑91 (MQ=255) agcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTg > 1:255256/1‑91 (MQ=255) tatatCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGAc < 2:2708845/91‑1 (MQ=255) atatCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACa < 1:347300/91‑1 (MQ=255) atatCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACa < 2:427887/91‑1 (MQ=255) tCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaa > 2:3278147/1‑91 (MQ=255) tAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAAc > 2:2849463/1‑91 (MQ=255) tAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAAc < 1:3504011/91‑1 (MQ=255) gTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACaaa < 1:2655806/91‑1 (MQ=255) gTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGCTTGAGCATAAATAATTATCATATGTGATTGCACGAGCTTGGGACAGAAAACaaa > 2:3611963/1‑91 (MQ=255) tATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACaatg < 1:2184605/91‑3 (MQ=255) tATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAg > 1:630635/1‑91 (MQ=255) gttAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 1:42213/2‑91 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 1:111754/1‑91 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 2:65352/1‑91 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 1:2060259/1‑91 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcc < 2:1125658‑M1/91‑20 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGccc < 2:200358/91‑1 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGccc < 1:1538106/91‑1 (MQ=255) atttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGccc > 2:2875852‑M1/62‑91 (MQ=255) atttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGccc > 1:1218683‑M1/62‑91 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 2:2151265‑M2/91‑2 (MQ=255) aCGTTCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCATaa < 1:3061285‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:1873852‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa > 1:2037105‑M2/1‑89 (MQ=255) cGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaag < 2:210940‑M2/91‑4 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 1:1272364‑M1/57‑91 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 2:276899‑M1/57‑91 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcccaagc < 1:1479438‑M1/91‑25 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:2887268‑M2/91‑5 (MQ=255) tACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcccaagct < 1:3780560‑M1/91‑26 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 1:2115659‑M2/91‑7 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 2:3390274‑M2/91‑7 (MQ=255) cagcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcg < 2:129219‑M2/91‑8 (MQ=255) cagcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcg > 1:352981‑M2/1‑84 (MQ=255) cagcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcg > 2:694019‑M2/1‑84 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt < 1:1648123‑M2/91‑10 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt < 1:2589225‑M2/91‑10 (MQ=255) agagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGtt > 1:817484‑M1/52‑91 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 2:1633278‑M2/91‑11 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 1:1000940‑M2/91‑11 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 2:2953514‑M2/91‑11 (MQ=255) cgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:160592‑M1/48‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:1465536/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGCAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt < 2:3219270/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAGAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt < 2:2487242/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt < 1:529193/91‑1 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 2:599996/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt < 1:762705/91‑1 (MQ=255) tAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttatttt < 1:2167197/91‑1 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa > 2:1339834/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |