| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1086971 | 157 (0.820) | 23 (0.140) | 12/140 | NT | 13.3% | coding (122/1401 nt) | ykoD_1 | Putative HMP/thiamine import ATP‑binding protein YkoD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1086989 | 162 (0.970) | coding (104/1401 nt) | ykoD_1 | Putative HMP/thiamine import ATP‑binding protein YkoD | |||||
ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1086872‑1086971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtacttttacTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATGAT < USA300TCH1516_ALE/1086989‑1086901 ACGCCACTTAATGGGTCAACTATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATGCAGAAGTG < 2:1156908/91‑1ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTG > 2:91433/1‑91ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTG < 2:3402670/91‑1ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTG < 2:3402465/91‑1ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTG > 1:3833554/1‑91ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATGAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTG > 1:3833593/1‑91 CGCCACTTAATGTGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGT < 2:3223292/91‑1 CGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGT < 2:963470/91‑1 CGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGT < 1:1718828/91‑1 GCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTA < 2:1760560/91‑1 GCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTA > 1:2487598/1‑91 GCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTA > 1:3449611/1‑91 CCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTAC > 1:663131/1‑91 CACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACT > 1:1028144/1‑91 CACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACT > 1:1028177/1‑91 ACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTT > 2:3463417/1‑91 ACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTT > 2:3465089/1‑91 CTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTT < 2:419091/91‑1 CTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTT < 1:2651172/91‑1 TAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTA > 1:757688/1‑91 AATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTAC > 2:1643315/1‑91 AATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTAC < 2:509399/91‑1 GATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCT < 1:2265872/91‑1 TTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGC < 1:2918510/91‑1 TCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCG < 2:3534499/91‑1 TCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTA < 1:1755410/91‑1 TCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTA < 2:1514947/91‑1 TCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTA < 1:1755412/91‑1 CATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAA < 1:1008578/91‑1 ATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAA < 1:858061/91‑1 ATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAA < 2:2899146/91‑1 ATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAA < 1:857734/91‑1 ATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAA < 1:3136655/91‑1 TATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAA < 2:1513400/91‑1 TATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAA < 1:954874/91‑1 TATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAA < 1:3585770/91‑1 gTTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAG < 2:3852457/90‑1 ATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAG < 1:710926/91‑1 TTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTT > 1:3314135/1‑62 TTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTT < 2:3314135/62‑1 CATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACA < 2:1488756/91‑1 CATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACA < 2:1488994/91‑1 AATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGA < 2:395856/91‑1 GAACAATACCACTTAAGACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTAT < 2:3708737/91‑1 GAACAATACCACTTAAGACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTAT < 2:3709068/91‑1 CCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTA < 1:1093260/91‑1 CCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTA < 1:1093326/91‑1 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA < 2:2958550/91‑1 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA > 1:1246256/1‑91 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA > 2:738994/1‑91 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA > 1:1253798/1‑91 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA < 1:1730879/91‑1 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA < 1:3840782/91‑1 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA < 2:1408709/91‑1 GTACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGA < 1:554899/91‑1 TACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAA > 2:363011/1‑91 TACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAA > 2:35983/1‑91 TACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAA > 2:3536015/1‑91 TACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAA > 2:3535693/1‑91 ACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAA > 1:539916/1‑91 ACTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAA > 2:1938347/1‑91 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT < 1:2461720/91‑1 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT < 1:1213813/91‑1 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT < 1:85832/91‑1 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT < 1:1213784/91‑1 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT > 1:2453301/1‑91 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT > 1:510003/1‑91 CTTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT > 2:2235217/1‑91 CTTTGACGCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAAT < 2:624526/91‑1 TTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATA > 1:2297336/1‑91 TTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATA > 2:3530340/1‑91 TTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATA > 2:1520417/1‑91 TTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATA > 2:1519232/1‑91 TTTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATA > 2:1519604/1‑91 TTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATAT > 2:1368813/1‑91 TTTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCCATGAAATAT > 2:2921779/1‑91 TTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATG < 1:1131670/91‑1 TTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATG < 2:313805/91‑1 TTACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATG < 2:1490091/91‑1 TACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATGA < 1:197218/91‑1 ACTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATGAT < 1:749338/91‑1 ACGCCACTTAATGGGTCAACGATTAGTTCATCATATTTCATAGGTAATTCAATTAAATTAGGAACAATACCACTTAATACATTCAGAAGTGTACTTTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1086872‑1086971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtacttttacTCGGTCCTTCTGGTTGCGGTAAAAGTACACTTCTGAATGTATTAAGTGGTATTGTTCCTAATTTAATTGAATTACCTATGAAATATGAT < USA300TCH1516_ALE/1086989‑1086901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |