| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1114090 = | 129 (0.680) | 12 (0.080) | 9/126 | NT | 10.5% | intergenic (+19/+63) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1114149 = | 104 (0.700) | intergenic (+78/+4) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1114195‑1114090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacattttaatggttttATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1114149‑1114237 gGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA < 2:387444/90‑1TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA < 1:381981/91‑1TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA < 2:833015/91‑1TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA > 1:1030148/1‑91TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA < 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TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1114195‑1114090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacattttaatggttttATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1114149‑1114237 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |