| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1114090 = | 129 (0.680) | 12 (0.080) | 9/126 | NT | 10.5% | intergenic (+19/+63) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1114149 = | 104 (0.700) | intergenic (+78/+4) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1114000‑1114180 | tatcatttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaattgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaataa < 2:1035023‑M1/2‑1 (MQ=255) atttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAaca < 2:3845283‑M1/6‑2 (MQ=255) aTGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA > 1:3592390‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCA < 1:3788601‑M1/91‑1 (MQ=255) ttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCAt > 2:1203405‑M1/84‑91 (MQ=255) tGTTGATTTGTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGATAAACCAT > 1:1946396‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT > 2:300339‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT < 2:85040‑M1/91‑1 (MQ=255) tcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCAtt < 2:1982527‑M1/9‑1 (MQ=255) ttGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTA < 2:419348‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 2:1617325‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 2:2117817‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 2:3097443‑M1/91‑1 (MQ=255) gATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAA > 2:2099231‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGt > 1:2011631‑M1/76‑91 (MQ=255) aaaaaGAATCAAAAGATACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAg < 2:3712201/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT > 1:28685‑M1/1‑79 (MQ=255) aaaaaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT < 2:28685‑M1/79‑1 (MQ=255) aaaaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgt < 1:1465634/91‑1 (MQ=255) aaGTATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTACgttg < 1:3061786/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 1:445537/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 2:1745232/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 1:2381173/91‑1 (MQ=255) aaGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttg < 1:2328390/91‑1 (MQ=255) aGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttgt < 2:2385319/91‑1 (MQ=255) aGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttgt < 2:338874/91‑1 (MQ=255) aGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAgttgt < 1:473404/91‑1 (MQ=255) aaTCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTa > 2:1871169/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTaa < 1:257136/91‑1 (MQ=255) tCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAat < 2:1249784/91‑1 (MQ=255) cAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAatt > 1:3297058/1‑91 (MQ=255) cAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTAAATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAatt > 1:3209961/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGAAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAatta < 2:1774166/91‑1 (MQ=255) acaacaCATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATa > 1:1884180/1‑91 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa < 2:778932/91‑1 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa < 1:2468294/91‑1 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa > 2:3631809/1‑91 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa > 2:3508917/1‑91 (MQ=255) cacaTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaac > 2:492738/1‑91 (MQ=255) acaTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTggttgtatctaataattaacaactt < 1:3147130‑M1/91‑26 (MQ=255) cATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCa < 2:395279‑M2/91‑2 (MQ=255) tAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaac < 1:782461‑M2/91‑4 (MQ=255) tctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACa > 1:882913‑M1/46‑91 (MQ=255) aaGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTggttgtatctaataattaacaacttaaca < 1:230706‑M1/91‑30 (MQ=255) aaGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaaca > 1:1350960‑M2/1‑87 (MQ=255) aGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacat < 1:1835326‑M2/91‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |