| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1140472 = | 196 (1.030) | 18 (0.110) | 10/140 | NT | 10.3% | coding (91/1077 nt) | USA300HOU_RS05655 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1140504 = | 144 (0.870) | coding (123/1077 nt) | USA300HOU_RS05655 | hypothetical protein | |||||
CTTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1140571‑1140472‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catcagccaaATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAGAATAAAGCGTTAGAGTTACT > USA300TCH1516_ALE/1140504‑1140593 CTTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTC < 1:652678/91‑1CTTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGCTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTC > 1:3179089/1‑91 TTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCA < 1:2284671/91‑1 TTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCGTTTTCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCA < 1:2283412/91‑1 TTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATC < 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2:3775976/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 2:361645/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 2:361689/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 2:1720993/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 2:710929/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA < 2:2424836/91‑1 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 1:1905674/1‑91 TTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCA > 1:1403534/1‑91 TTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCAA < 2:2834348/91‑1 TTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAA < 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2:1863739/1‑91 GATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGA > 1:2153343/1‑91 ATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAATCTGAAGCAACAGATAAAACAGAATTAACTACATCACCTTTTGATGAACAGATAAAAGAG > 2:2953018/1‑91 ATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAACAGATAAAACAGAATTAACTACATCAGCTTTTGATGAACAGATAAAAGAG > 2:2954994/1‑91 ATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAG > 1:1782665/1‑91 ATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAG > 1:220380/1‑91 ATATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAG > 2:1617264/1‑91 TATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAGA > 2:1067579/1‑91 TATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAGA > 2:1270700/1‑91 TATTTTATCTCATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAGA > 1:2220999/1‑91 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CTTTTATCTTTTCATCAAAAATTGATGTAGTTAATTCTGTTTTATCTTTTGCTTCAGGTTGATTAAATTTGGCTGATG‑GATATTTTATCTCATCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1140571‑1140472‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catcagccaaATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAAAGATAAAAGAGAATAAAGCGTTAGAGTTACT > USA300TCH1516_ALE/1140504‑1140593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |