| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1140472 = | 196 (1.030) | 18 (0.110) | 10/140 | NT | 10.3% | coding (91/1077 nt) | USA300HOU_RS05655 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1140504 = | 144 (0.870) | coding (123/1077 nt) | USA300HOU_RS05655 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATGAGAAATGTTAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTACATCAATTTTTGATGAAA > USA300TCH1516_ALE/1140382‑1140562 | agtaactctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatt < 1:1010989‑M1/1‑1 (MQ=255)agtaactctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatt < 1:2542801‑M1/1‑1 (MQ=255)agtaactctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcgtttgcttcaggttgattaaatt > 2:1205019‑M1/91‑91 (MQ=255) tGAGAAATGTTAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGtt < 2:1998479/91‑1 (MQ=255) taactctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTg < 2:234298‑M1/3‑1 (MQ=255) gagaAATGTTAAACAAATTGCTACAAAATGTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTg < 1:3105975/91‑1 (MQ=255) agaAATGTTAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTgg < 1:2140786/91‑1 (MQ=255) ctctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCt > 1:3568043‑M1/86‑91 (MQ=255) aaaTGTTAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCt < 1:474184/91‑1 (MQ=255) aaaTGTTAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCATGTTGGCt < 2:736640/91‑1 (MQ=255) tctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCtg > 1:658592‑M1/85‑91 (MQ=255) ctaacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCtga > 2:3871540‑M1/84‑91 (MQ=255) taacgctgtattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCtgat > 2:3446276‑M1/83‑91 (MQ=255) aacgctttattctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCtgatg > 1:2400016‑M1/82‑91 (MQ=255) ttAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCtgatga > 1:3775976/1‑91 (MQ=255) tAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGtt < 2:1764754/81‑1 (MQ=255) tAAACAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATgag > 1:982768/1‑91 (MQ=255) aaCAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGAt < 1:3876319/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGAt < 1:3468329/91‑1 (MQ=255) aaCAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGAt < 2:1455112/91‑1 (MQ=255) cAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATaa < 2:2246497/91‑1 (MQ=255) cAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATaa < 2:1883183/91‑1 (MQ=255) cAAATTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATaa < 2:1461645/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATaaa < 1:2937911/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTCAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATaaa < 2:3053902/91‑1 (MQ=255) aTTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAat > 1:2301035/1‑91 (MQ=255) aTTGCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAat < 1:1818055/91‑1 (MQ=255) tctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCTGATGAGATAAAata > 1:2368901‑M1/72‑91 (MQ=255) tctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCTGATGAGATAAAata > 2:1067579‑M1/72‑91 (MQ=255) ctcttttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCTGATGAGATAAAatat > 1:220380‑M1/71‑91 (MQ=255) ctcttttatctgttcatcaaaagctgatgtagttaattctgttttatctgttgcttcaggttgattaaatTTGGCTGATGAGATAAAatat > 2:2954994‑M1/71‑91 (MQ=255) gCTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATc > 2:1015980/1‑91 (MQ=255) cTACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATc‑c > 2:2468851/1‑91 (MQ=255) ttatcttttcatcaaaaattgatgtagttaattctgttttatcttttgcttcaggttgattaaatTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATc > 2:1863739‑M1/66‑91 (MQ=255) cAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATc > 2:1403534/1‑91 (MQ=255) cAAAATCTACTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATc > 1:1953164/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCa > 2:846492/1‑91 (MQ=255) aaaTCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAg > 1:1917495/1‑91 (MQ=255) aaTCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGc < 1:2117126/91‑1 (MQ=255) aaTCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGc < 1:456710/91‑1 (MQ=255) aTCTATTATAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGcc < 1:3540835/91‑1 (MQ=255) attatAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCaaca > 2:2613333/1‑89 (MQ=255) attatAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAAt > 2:1260760/1‑91 (MQ=255) ttatAGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAAtt > 1:3627446/1‑91 (MQ=255) tataGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAAttt > 1:3434828/1‑91 (MQ=255) tataGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAAttt > 1:2615124/1‑91 (MQ=255) tataGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAAttt < 2:2122788/91‑1 (MQ=255) aGCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAAt < 2:888399/91‑1 (MQ=255) gCTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATc < 1:2945445/91‑1 (MQ=255) cTATTATTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCa < 1:587194/91‑1 (MQ=255) tattatTAGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCaa > 1:1100737/1‑91 (MQ=255) ttattaGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAAcc < 1:2881668/91‑1 (MQ=255) tattaGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCt < 2:195905/91‑1 (MQ=255) ttaGCTTAGGTATACTTACATATACAACCATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGGTAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAGTCAACCTGa < 2:1705919/91‑1 (MQ=255) taGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGaa > 1:768663/1‑91 (MQ=255) aGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCt > 2:418855/1‑87 (MQ=255) aGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAg > 1:1230686/1‑91 (MQ=255) aGCTTAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAg > 2:602987/1‑91 (MQ=255) ttAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCaa < 2:2765547/91‑1 (MQ=255) ttAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCaa < 2:527866/91‑1 (MQ=255) ttAGGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTCGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCaa < 1:1311756/91‑1 (MQ=255) gTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGa > 1:1370959/1‑91 (MQ=255) ataCTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATa < 1:1726373/91‑1 (MQ=255) ataCTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATa < 1:2676019/91‑1 (MQ=255) aCTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATaaa > 2:1318617/1‑91 (MQ=255) tACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACa < 2:858523/91‑1 (MQ=255) cATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGa > 1:2562839/1‑91 (MQ=255) tataCAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAAt > 1:1576608/1‑91 (MQ=255) tataCAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAAt < 1:1997135/91‑1 (MQ=255) tataCAACAATGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAAt < 2:1616033/91‑1 (MQ=255) caacaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAAc > 2:3671307/1‑91 (MQ=255) caacaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAAc > 2:2901939/1‑91 (MQ=255) caacaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAAc > 2:3670390/1‑91 (MQ=255) caacaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAAc > 2:2906444/1‑91 (MQ=255) acaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAata < 1:2264378/38‑1 (MQ=255) acaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAata > 2:2269614/1‑38 (MQ=255) acaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTa > 1:1194314/1‑91 (MQ=255) acaaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTa < 2:388354/91‑1 (MQ=255) caaTGATTGGTAGCGTGTTGGCTGATGAGATAAAATATC‑CATCAGCCAAATTTAATCAACCTGAAGCAAAAGATAAAACAGAATTAACTAc < 1:2651973/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |