| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262909 | 146 (0.770) | 27 (0.160) | 10/140 | NT | 17.2% | intergenic (+34/‑193) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262932 | 132 (0.790) | intergenic (+57/‑170) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262843 TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA > 1:3352492/1‑91TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 1:1852289/91‑1TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 2:3269848/91‑1TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 1:1852209/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCATGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:2158315/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:2277579/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:2655906/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:1338711/1‑91 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:809727/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:791563/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 2:2592197/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:540569/91‑1 CATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC < 2:3868713/91‑1 CATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC > 1:666706/1‑91 ATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC < 1:1678207/91‑1 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:1879701/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA < 1:3703317/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAAGTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3077544/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAAGTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3077374/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAAGTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3077003/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATATATGGCTATAGCCCAT > 1:998872/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 2:703486/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 1:993790/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3070098/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 2:3821462/91‑1 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 1:1477174/1‑91 ATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT > 2:1303890/1‑91 ATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT < 2:3527800/91‑1 gAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGT < 2:2529665/90‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 2:2729061/91‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:2306002/91‑1 GGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTAT < 2:2565179/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGCTATGAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:173812/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 2:1952955/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:3810024/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:3810132/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:173535/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 2:3746091/91‑1 TTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAA < 1:86304/91‑1 TTTATGAAGCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAA < 2:2556137/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:2894089/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:1261353/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:2704439/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:1595225/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:1134687/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:3178116/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:3567487/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:3545951/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:490536/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 2:3438155/91‑1 TATGAATCATTATTAACTGTTAATACATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATG < 1:3602426/91‑1 TGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGat > 2:2614264/1‑89 TGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGat > 2:2614282/1‑89 ATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAG < 1:1661083/91‑1 AGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTA < 2:3352492/91‑1 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA < 2:3224883/91‑1 ATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATCTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGA > 2:927295/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT < 2:2021488/91‑1 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:1043298/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:1043349/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT < 2:1182989/91‑1 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:597176/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:3445715/1‑91 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAATTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:3604371/91‑1 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 2:1840447/91‑1 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:1097103/91‑1 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:1648360/91‑1 AGCCCATTTCCGATACGTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 2:2977202/91‑1 GCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATGATGATTC > 1:1944460/1‑91 GCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTC > 2:3680085/1‑91 GCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTC > 1:15525/1‑91 GCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTC < 2:1457586/91‑1 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA < 2:3426892/91‑1 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA < 2:3426893/91‑1 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA < 2:3226923/91‑1 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA > 1:1416468/1‑91 CATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATA < 2:1285460/91‑1 TTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAA < 1:3717295/91‑1 TTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < 2:337884/91‑1 TTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < 1:1581283/91‑1 TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |