| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262909 | 146 (0.770) | 27 (0.160) | 10/140 | NT | 17.2% | intergenic (+34/‑193) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262932 | 132 (0.790) | intergenic (+57/‑170) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/1262819‑1262999 | tGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTcc > 1:368063/1‑91 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAc < 1:892331/91‑1 (MQ=255) ctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTta < 1:2828252/91‑1 (MQ=255) aagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTTATaaag < 1:1640807/91‑2 (MQ=255) aagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAg > 1:445204/1‑91 (MQ=255) agCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGt > 1:2701980/1‑91 (MQ=255) agCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGt < 1:397290/91‑1 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCACTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTa < 2:1510106/91‑1 (MQ=255) gagGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagt < 2:2529665‑M1/90‑20 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑t > 2:462750/1‑79 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTAt > 2:3401203/1‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATc > 1:3721‑M1/62‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCg < 1:2365951/91‑1 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCg < 1:2152832/91‑1 (MQ=255) 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tGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatgat > 2:2614264‑M1/1‑62 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:1097103‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAA‑TTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:3604371‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta < 2:1182989‑M2/91‑10 (MQ=255) tCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAaatgggctat < 2:3224883‑M2/91‑11 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt > 2:3136228/1‑91 (MQ=255) attattAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatgggctatag < 1:1661083‑M1/91‑36 (MQ=255) aaCTGTTAACAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTg > 1:1952966/1‑91 (MQ=255) aCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGc < 2:1764118/91‑1 (MQ=255) aCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGc < 1:775944/91‑1 (MQ=255) cTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCg < 1:943797/91‑1 (MQ=255) tgtgAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:3749240/91‑1 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa > 2:684421/1‑91 (MQ=255) ttAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATg < 2:319310/91‑1 (MQ=255) ttAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTAGTGCGATg > 2:3374801/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAC‑TTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGa > 2:989923/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |