| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1392275 | 139 (0.730) | 22 (0.130) | 11/140 | NT | 14.6% | intergenic (+49/‑451) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1392297 | 137 (0.820) | intergenic (+71/‑429) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
TTTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1392176‑1392275‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccctgagATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCTTA < USA300TCH1516_ALE/1392297‑1392208 TTTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATA < 2:332239/91‑1 TTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAA > 1:1117298/1‑91 GGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAAC > 1:958776/1‑91 GAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACC > 2:2047476/1‑91 GAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACC > 2:2047421/1‑91 GAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACC > 2:2047289/1‑91 AATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCC < 2:1170378/91‑1 ATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCT < 1:1235176/91‑1 ATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCT > 1:1302435/1‑91 TAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGA < 1:3721748/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:1781155/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG > 1:1003758/1‑91 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:694947/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG > 1:2591659/1‑91 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:695036/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:226965/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:908338/91‑1 AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:1780311/91‑1 CTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAA > 1:3462224/1‑91 CAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTG < 1:3824161/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 1:3117091/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 2:2253233/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 1:1573030/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 2:1519499/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 2:621538/91‑1 AATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGAATCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAA < 2:3421207/91‑1 ATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAA < 1:1341027/91‑1 TAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC < 1:3132530/91‑1 AGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:1799131/91‑1 AGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:1797869/91‑1 AGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:777550/91‑1 AGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:777693/91‑1 GAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 2:2432027/91‑1 GAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 1:701785/91‑1 GAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 2:1047033/91‑1 AACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 1:3839562/91‑1 AACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 1:579586/91‑1 CTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT < 1:3452917/91‑1 TAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAA < 2:2921536/91‑1 GATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTT < 1:31104/91‑1 AAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCA > 2:2819758/1‑91 AAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCA > 2:2819801/1‑91 AAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCA > 1:2723375/1‑91 AAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACAT > 1:1713949/1‑72 AAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACAT < 2:1713949/72‑1 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 1:3019405/1‑91 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 2:3302444/1‑91 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 2:1947388/1‑91 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 1:1555160/1‑91 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 2:517986/1‑91 AACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAAGCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAG > 1:1555158/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA > 2:405401/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA < 1:456431/91‑1 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA > 1:2539405/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA < 2:2343361/91‑1 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA < 1:3141663/91‑1 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA > 1:3398778/1‑91 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA < 1:868825/91‑1 ACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGA > 2:1117298/1‑91 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TGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTC < 2:2606620/91‑1 TGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTC < 2:1498483/91‑1 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCT < 2:2702261/91‑1 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCT < 2:2703060/91‑1 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCT < 2:3860485/91‑1 AGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCTT < 2:2534464/91‑1 AGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCTT < 1:589069/91‑1 GATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCTTA > 2:2452961/1‑91 TTTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1392176‑1392275‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccctgagATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTATTTGATTTTTATATAATGAATCGTTACATTAAAAATATTTATTTATCAGAGTTCTTA < USA300TCH1516_ALE/1392297‑1392208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |