| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1392275 | 139 (0.730) | 22 (0.130) | 11/140 | NT | 14.6% | intergenic (+49/‑451) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1392297 | 137 (0.820) | intergenic (+71/‑429) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTA > USA300TCH1516_ALE/1392185‑1392365 | ctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgacacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAg < 2:410375‑M1/10‑1 (MQ=255)aGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG > 1:1003758‑M1/1‑91 (MQ=255)aGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:694947‑M1/91‑1 (MQ=255)aGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:1781155‑M1/91‑1 (MQ=255)aGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAG < 1:908338‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGtt > 2:913840/1‑91 (MQ=255) gCTCGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGtt > 2:3439419/1‑91 (MQ=255) ttGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGtttt > 2:1938288/1‑91 (MQ=255) tGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTc < 2:2064879/91‑1 (MQ=255) gcgcTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAGCGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAAt > 1:3075860/1‑91 (MQ=255) gcgcTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAAt > 2:3585142/1‑91 (MQ=255) gcgcTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAAt > 1:557763/1‑91 (MQ=255) ttAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTaa < 2:317447/90‑1 (MQ=255) cTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATCAATATTTTTAATGTAACGTTTCATTATATCAAAATCAAATACACCCTGAGGTTTTCAAATTaa > 1:3084939/1‑91 (MQ=255) cTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTaa > 1:881852/1‑91 (MQ=255) cAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttg < 1:3824161‑M1/91‑18 (MQ=255) cAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCg < 1:3554733/91‑1 (MQ=255) cAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCg < 1:2850104/91‑1 (MQ=255) cAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCg > 1:1573647/1‑91 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaa < 1:3117091‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaa < 2:2253233‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGaa > 2:1079623/1‑91 (MQ=255) tAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATc > 2:2452961‑M2/1‑90 (MQ=255) atcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAtctc > 1:2337114‑M1/57‑91 (MQ=255) aGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctc < 1:1799131‑M1/91‑26 (MQ=255) aGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctc < 2:3860485‑M2/91‑4 (MQ=255) aGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctc < 2:2702261‑M2/91‑4 (MQ=255) gAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctca < 2:1047033‑M1/91‑27 (MQ=255) gAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctca < 2:1498483‑M2/91‑5 (MQ=255) aaCTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcag < 1:3839562‑M1/91‑28 (MQ=255) aaCTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcag > 1:3156359‑M2/1‑86 (MQ=255) tctGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggt > 2:1117298‑M2/1‑83 (MQ=255) atcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGt > 2:3725648‑M1/52‑91 (MQ=255) ctGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGCTTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggtt > 1:1555158‑M2/1‑82 (MQ=255) ctGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggtt > 2:3302444‑M2/1‑82 (MQ=255) ctGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggtt > 2:517986‑M2/1‑82 (MQ=255) tGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggttt > 1:2723375‑M2/1‑81 (MQ=255) tGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggttt > 2:2819758‑M2/1‑81 (MQ=255) ttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGtttt > 2:2434115‑M1/49‑91 (MQ=255) gATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGtttt > 1:2160445/1‑91 (MQ=255) tagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTa > 1:1911442‑M1/48‑91 (MQ=255) tagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTa > 2:1794681‑M1/48‑91 (MQ=255) taaataTTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAAttt > 1:1646902/1‑91 (MQ=255) taaataTTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAAttt < 2:2177575/91‑1 (MQ=255) taaataTTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAAttt > 1:2649870/1‑91 (MQ=255) aataTTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGt > 2:2522333/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTAc > 1:416444/1‑91 (MQ=255) tatTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTAc < 2:169746/91‑1 (MQ=255) tttttAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTc < 1:472997/91‑1 (MQ=255) tttttAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTc < 1:117788/91‑1 (MQ=255) tttAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCaa < 2:199157/91‑1 (MQ=255) tAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataa < 2:2921536‑M1/91‑50 (MQ=255) tAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAAtt < 1:1750673/91‑1 (MQ=255) tAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAAtt > 2:283425/1‑91 (MQ=255) 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tatataAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTa > 2:1555491/1‑91 (MQ=255) atataAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTac < 2:2169302/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTa > 2:55731/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAg < 2:3107335/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGt > 1:2952067/1‑91 (MQ=255) aaTCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGtt > 1:2630563/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAACTCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTa > 1:3258696/1‑91 (MQ=255) cAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAAt < 1:1070006/91‑1 (MQ=255) 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aCCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcaga > 1:275228‑M1/1‑8 (MQ=255) aCCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcaga > 1:3398778‑M1/1‑8 (MQ=255) aCCCTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcaga < 1:3141663‑M1/91‑84 (MQ=255) CCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGAtt > 1:1424564‑M1/1‑91 (MQ=255) ccTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagt > 2:106260‑M1/1‑6 (MQ=255) cTGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagtt < 1:3770626‑M1/91‑87 (MQ=255) CTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTg < 2:722777‑M1/91‑1 (MQ=255) tGAGattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagttc < 2:2606638‑M1/91‑88 (MQ=255) tGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagttc < 1:701785‑M2/91‑66 (MQ=255) gAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagttct < 2:777550‑M2/91‑67 (MQ=255) agattttcgctttaatttgaaaacctcagggtttatttgatttttatataatgaatcgttacattaaaaatatttatttatcagagttctt < 1:589069‑M1/91‑90 (MQ=255) GGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTa < 1:2975207‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTa < 2:1458971‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTa > 2:2643075‑M1/1‑91 (MQ=255) | AGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTA > USA300TCH1516_ALE/1392185‑1392365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |