| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1439024 | 182 (0.960) | 21 (0.120) | 12/146 | NT | 11.2% | intergenic (+22/+218) | lysA/USA300HOU_RS07135 | Diaminopimelate decarboxylase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1439047 | 168 (0.970) | intergenic (+45/+195) | lysA/USA300HOU_RS07135 | Diaminopimelate decarboxylase/hypothetical protein | |||||
TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1438928‑1439024‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tccccgaGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCTT < USA300TCH1516_ALE/1439047‑1438958 TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT > 1:1292170/1‑91TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT < 2:716183/91‑1TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGGTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT < 1:3600114/91‑1 TAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATC < 1:1201804/91‑1 TAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATC < 2:243253/91‑1 TAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATC > 1:262378/1‑91 AAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCC > 2:1695655/1‑91 AAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCC > 1:3555300/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 1:765920/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 1:2902892/1‑91 AAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCC < 2:1387540/91‑1 AGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCG < 2:1743799/91‑1 GATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGA < 2:779882/91‑1 GCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTATTCCCCGAGTCACAGTA < 1:1422363/91‑1 AGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTC < 1:653705/91‑1 TATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGT < 1:2361966/91‑1 TATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGT < 1:2676506/91‑1 ATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTG < 1:329086/91‑1 TAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAGCAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGC < 2:771166/91‑1 TAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGC < 1:1549136/91‑1 TAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGC < 2:246857/91‑1 TAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGC < 2:54833/91‑1 AAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTT < 1:2868975/91‑1 GCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCG < 1:2137349/91‑1 GCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCG < 1:656332/91‑1 GCGAAAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTATGTGGTTtt < 2:974887/91‑3 CGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGG < 2:2536796/91‑1 CGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGG < 1:343195/91‑1 CGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGG < 1:3816961/91‑1 CAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGA < 2:2575110/91‑1 CGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTAC < 1:629454/91‑1 ACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTT < 2:3679900/91‑1 CAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTA < 1:2374414/91‑1 CAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTA < 1:1137238/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 1:435254/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 1:435224/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 1:3551075/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 1:2534807/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 1:3550810/91‑1 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT < 1:1976136/91‑1 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT > 1:2455670/1‑91 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATCAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT > 1:3609760/1‑91 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC < 1:611207/91‑1 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC > 1:1014690/1‑91 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC > 2:1792448/1‑91 aCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCATCGGGGATTACTATGCTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCt > 2:2267778/2‑90 CCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCG > 2:972975/1‑91 CCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCG < 1:3613730/91‑1 CGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGC > 2:2667101/1‑91 CGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGC > 1:219274/1‑91 CGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGC > 2:3431506/1‑91 CGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGC > 2:1481165/1‑91 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT < 2:3307994/91‑1 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT > 1:1435689/1‑91 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT < 2:992748/91‑1 AGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCTT < 2:1938723/91‑1 AGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCTT < 2:1938687/91‑1 TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1438928‑1439024‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tccccgaGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCTT < USA300TCH1516_ALE/1439047‑1438958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |