New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	1532094 =	214 (1.120)	14 (0.080)	9/146	NT	7.0%	intergenic (‑263/+74)	USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470	hypothetical protein/hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	1532129 =	179 (1.030)					intergenic (‑298/+39)	USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470	hypothetical protein/hypothetical protein

TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  USA300TCH1516_ALE/1532190‑1532094 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC  >  USA300TCH1516_ALE/1532129‑1532218                                                                                                                                                                                             TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTG                                                                                                  <  1:1252935/91‑1  GATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGC                                                                                                 >  1:2169154/1‑91   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                <  1:73007/91‑1   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                <  1:1590257/91‑1   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                <  1:50884/91‑1   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                >  2:3646670/1‑91   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                <  2:1864246/91‑1   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                >  2:2495796/1‑91   ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATAAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCT                                                                                                <  2:922159/91‑1    TTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACGTTTTTGTGTGGTTGCTA                                                                                               >  1:3771090/1‑91    TTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTA                                                                                               >  1:3774064/1‑91     TGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAG                                                                                              <  2:3200603/91‑1     TGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAG                                                                                              <  1:2823969/91‑1     TGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAG                                                                                              <  1:3124837/91‑1     TGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAG                                                                                              >  1:762519/1‑91     TGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAG                                                                                              <  1:3594606/91‑1      GCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGT                                                                                             <  1:2655437/91‑1      GCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGT                                                                                             >  2:132309/1‑91      GCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGT                                                                                             <  1:3427034/91‑1       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            <  1:247774/91‑1       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            >  1:444364/1‑91       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            >  1:3589792/1‑91       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            <  2:1435149/91‑1       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            <  2:1435534/91‑1       CGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT                                                                                            >  1:2388645/1‑91                   ATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTA                                                                                >  2:752560/1‑91                                                          TTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGA                                         >  1:3548717/1‑91                                                             TTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACG                                      >  1:1227596/1‑91                                                              TAACTAGCTAATCACATTTTTTTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGC                                     >  2:973669/1‑91                                                              TAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGC                                     >  2:1213125/1‑91                                                              TAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGC                                     >  2:1361135/1‑91                                                                ACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGC                                   >  2:1117590/1‑91                                                                ACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGC                                   >  1:3152054/1‑91                                                                 CTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCA                                  >  2:1203858/1‑91                                                                   AGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAAT                                >  1:2591675/1‑91                                                                   AGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAAT                                >  2:3304571/1‑91                                                                       AATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAA                            >  1:1108469/1‑91                                                                          CACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATA                         >  1:3253797/1‑91                                                                          CACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATA                         >  1:3254010/1‑91                                                                                           GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGC        <  1:1864246/91‑1                                                                                            CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT       >  1:1643828/1‑91                                                                                            CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT       >  2:3173382/1‑91                                                                                             TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA      <  1:2573707/91‑1                                                                                             TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA      <  2:2509535/91‑1                                                                                             TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA      <  2:2143997/91‑1                                                                                             TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA      <  2:2135073/91‑1                                                                                             TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA      <  1:820173/91‑1                                                                                               GTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACA    >  2:1816440/1‑91                                                                                               GTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACA    >  2:1815786/1‑91                                                                                                TTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAG   <  1:958397/91‑1                                                                                                TTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGC                                   >  1:2444349/1‑59                                                                                                TTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGC                                   <  2:2444349/59‑1                                                                                                 TAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC  >  1:2024934/1‑91                                                                                                                                                                                             TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTTGCTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  USA300TCH1516_ALE/1532190‑1532094 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC  >  USA300TCH1516_ALE/1532129‑1532218

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.