BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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ACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCG  >  USA300TCH1516_ALE/1532039‑1532219

aCTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTta                                                                                            >  2:1837239/1‑91 (MQ=255)

aCTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTta                                                                                            <  1:2057056/91‑1 (MQ=255)

  tACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTtaat                                                                                          <  1:1092748/91‑1 (MQ=255)

    cAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTtaataa                                                                                        >  1:578472/1‑91 (MQ=255)

     aataaaataaTGTAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAg                                                                                       >  2:1531503/1‑91 (MQ=255)

      ataaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgt                                                                                      <  2:479407/91‑1 (MQ=255)

       taaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgtg                                                                                     >  2:1766892/1‑91 (MQ=255)

          aataatATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAAAAAGCACAAAAAAACTAGAAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCt                                                                                  <  2:12839/91‑1 (MQ=255)

            taataTAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTaa                                                                                <  2:3650702/91‑1 (MQ=255)

            taataTAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTaa                                                                                <  2:3652479/91‑1 (MQ=255)

             aataTAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAt                                                                               >  2:2535038/1‑91 (MQ=255)

               tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:244212/91‑1 (MQ=255)

               tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:242313/91‑1 (MQ=255)

                ataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTa                                                                            >  1:2212127/1‑91 (MQ=255)

                 taGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTaa                                                                           <  2:1406854/91‑1 (MQ=255)

                 taGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTaa                                                                           <  1:332662/91‑1 (MQ=255)

                 taGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTaa                                                                           <  1:1346063/91‑1 (MQ=255)

                  aGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAg                                                                          >  1:1188592/1‑91 (MQ=255)

                   gTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGt                                                                         <  2:204822/91‑1 (MQ=255)

                   gTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGt                                                                         >  1:3353693/1‑91 (MQ=255)

                   gTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGt                                                                         >  1:2304098/1‑91 (MQ=255)

                    tGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGtt                                                                        >  2:2512852/1‑91 (MQ=255)

                     gAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTa                                                                       >  2:1904728/1‑91 (MQ=255)

                     gAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTa                                                                       <  2:1359232/91‑1 (MQ=255)

                     gAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTa                                                                       <  2:1482005/91‑1 (MQ=255)

                      aataatCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTaa                                                                      >  2:2688341/1‑91 (MQ=255)

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                          atCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGt                                                                  <  1:1410228/91‑1 (MQ=255)

                           tCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGtt                                                                 <  2:2882858/91‑1 (MQ=255)

                            cTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTa                                                                >  2:3277967/1‑91 (MQ=255)

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                            cTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTCTTa                                                                <  2:3442803/91‑1 (MQ=255)

                             tACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTaa                                                               <  1:3751372/91‑1 (MQ=255)

                              aCCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAAt                                                              >  2:1206190/1‑91 (MQ=255)

                              aCCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAAt                                                              <  1:810112/91‑1 (MQ=255)

                                   tAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCttat                                                         <  1:1958006/91‑4 (MQ=255)

                                    aGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATaa                                                        >  1:940653/1‑91 (MQ=255)

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                                     gAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATGAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAg                                                       <  1:3077373/91‑1 (MQ=255)

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                                           tagacacttattAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAAt                                                 >  2:752560‑M1/13‑91 (MQ=255)

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                                             aGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCa                                               <  1:1670482/91‑1 (MQ=255)

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                                                        actagctaatcacatttttgtgtggttgctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACgcgc                                    >  1:3152054‑M2/35‑91 (MQ=255)

                                                        ACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACgcgc                                    <  1:3427034‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                         CTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCa                                   <  1:3594606‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                         CTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCa                                   >  1:762519‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                          TAGCAACCACACAAAAACGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCaa                                  >  1:3771090‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                           agctaatcacatttttgtgtggttgctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAAt                                 >  1:2591675‑M2/32‑91 (MQ=255)

                                                           AGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTTATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAAt                                 <  2:922159‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                           AGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAAt                                 >  2:2495796‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                            GCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATc                                >  1:2169154‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaCCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCaa                              >  2:3708506/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaCCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCaa                              <  1:3221028/91‑1 (MQ=255)

                                                               aatcacatttttgtgtggttgctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCaaa                             >  1:1108469‑M2/28‑91 (MQ=255)

                                                                ccACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCaaaa                            <  2:2795786/91‑1 (MQ=255)

                                                                 cacacaAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAaat                           >  1:2143997/1‑91 (MQ=255)

                                                                  cacatttttgtgtggttgctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAaata                          >  1:3254010‑M2/25‑91 (MQ=255)

                                                                  acacaAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAaata                          <  1:2618794/91‑1 (MQ=255)

                                                                  acacaAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAaata                          >  1:668930/1‑91 (MQ=255)

                                                                       aaaaTGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACg                     <  2:575776/91‑1 (MQ=255)

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                                                                           tgtgATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACa                 >  2:1642036/1‑91 (MQ=255)

                                                                            gtgATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACaa                <  2:1313090/91‑1 (MQ=255)

                                                                            gtgATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACaa                <  2:1313053/91‑1 (MQ=255)

                                                                               aTTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGct             <  1:1000088/91‑1 (MQ=255)

                                                                               aTTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGct             >  2:3337251/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  aGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTg          <  1:325184/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGc         <  1:1864246‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                    ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        >  2:3173382‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                    ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        >  1:1643828‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                     tagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTa       <  2:2135073‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                       gttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACa     >  2:1815786‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                          aataaGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCg  <  1:2676429/91‑1 (MQ=255)

ACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCG  >  USA300TCH1516_ALE/1532039‑1532219

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.