| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1665337 = | 78 (0.410) | 17 (0.130) | 14/108 | NT | 24.2% | intergenic (‑212/+65) | sodA/zur | Superoxide dismutase [Mn] 1/Zinc‑specific metallo‑regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1665405 = | 54 (0.420) | coding (408/411 nt) | zur | Zinc‑specific metallo‑regulatory protein | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTCTTTATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1665452‑1665337‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcataaatctcatttctttatattaATCTTGGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGG > USA300TCH1516_ALE/1665405‑1665494 CACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTAT > 2:2256370/1‑91 ACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATG > 1:2950005/1‑91 ACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATG < 1:312751/91‑1 ACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATG < 2:3512409/91‑1 ACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATG < 1:775010/91‑1 CAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGC < 1:604517/91‑1 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA > 2:1566510/1‑91 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA > 1:750276/1‑91 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA < 2:2503705/91‑1 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 1:2148418/91‑1 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 1:2148465/91‑1 CACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAA < 1:3339393/91‑1 ACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAA < 1:3867464/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/1665452‑1665337‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcataaatctcatttctttatattaATCTTGGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTGG > USA300TCH1516_ALE/1665405‑1665494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |