| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 227 (1.190) | 18 (0.110) | 11/132 | NT | 9.9% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 141 (0.900) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1708739‑1708636‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATA > USA300TCH1516_ALE/1708685‑1708774 TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTC < 2:3103392/91‑1TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTC < 2:3106275/91‑1 TAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCT > 2:3063969/1‑91 TAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCT > 2:2088016/1‑91 TAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCT > 2:815915/1‑91 AATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTT > 1:696594/1‑91 AATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTT > 2:2819354/1‑91 ATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTA < 2:1129747/91‑1 ATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTA > 1:3830029/1‑91 TAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTAC < 2:3098815/91‑1 TAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTAC > 2:3389039/1‑91 TAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTAC > 1:2402827/1‑91 AATCTTTGACATTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACT < 1:3513922/91‑1 AATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACT < 2:1114474/91‑1 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TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1708739‑1708636‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATA > USA300TCH1516_ALE/1708685‑1708774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |