| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 227 (1.190) | 18 (0.110) | 11/132 | NT | 9.9% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 141 (0.900) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TTTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGT > USA300TCH1516_ALE/1708546‑1708726 | tatttattcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaggtacctgtcattatgttgttacaaataa > 2:3243773‑M1/91‑91 (MQ=255) tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGaaa < 2:1012425/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGaaa < 2:2241850/91‑1 (MQ=255) ttattcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataaaaa < 1:1148764‑M1/4‑1 (MQ=255) ttattcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataaaaa > 2:3528139‑M1/88‑91 (MQ=255) aCTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGaaaa > 1:1288855/1‑91 (MQ=255) aCTATAGTAGTTCTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGaaaa > 1:1675650/1‑91 (MQ=255) cTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAAc > 2:436957/1‑91 (MQ=255) cTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAAc > 1:2930767/1‑91 (MQ=255) ttcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcag > 2:2799334‑M1/85‑91 (MQ=255) ataGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAAcag < 2:2884071/91‑1 (MQ=255) caaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcagca > 2:2609846‑M1/83‑91 (MQ=255) agtagtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAAcagca > 1:304405/1‑91 (MQ=255) gtagtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAAcagcag > 2:3782456/1‑91 (MQ=255) aaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcagcag > 2:2004003‑M1/82‑91 (MQ=255) aaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcagcag < 1:191315‑M1/10‑1 (MQ=255) tagtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGt < 1:1802110/91‑1 (MQ=255) agtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTa > 1:1123338/1‑91 (MQ=255) tcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTaa > 2:1536319‑M1/79‑91 (MQ=255) tcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTaa > 2:1643889‑M1/79‑91 (MQ=255) tcataatctaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTaa > 2:3437236‑M1/79‑91 (MQ=255) gtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTaa > 1:885368/1‑91 (MQ=255) gtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTaa > 1:3127348/1‑91 (MQ=255) ttttATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAg < 1:830099/91‑1 (MQ=255) ttttATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAg < 1:2751295/91‑1 (MQ=255) tATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACt > 1:226098/1‑91 (MQ=255) tATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCGTTGTGCATTAAAGATAATGGTAATAGAAAACAGCAGTAAGACt > 2:3613073/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtt > 2:542820/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtt > 2:822668/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtt < 2:1917845/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtt < 2:3083218/91‑1 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACttt > 1:2867741/1‑91 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACttt > 2:2402827/1‑91 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACttt > 1:1204609/1‑91 (MQ=255) gTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTa < 1:200872/91‑1 (MQ=255) tAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTaa < 2:3324189/91‑1 (MQ=255) ttACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAgtg > 1:3662301/1‑91 (MQ=255) tACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAgtgt > 1:1578003/1‑91 (MQ=255) tACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAgtgt > 1:1569247/1‑91 (MQ=255) tACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAgtgt > 2:272641/1‑91 (MQ=255) acaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAg > 1:835275/1‑91 (MQ=255) gTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCAt > 2:2135915/1‑91 (MQ=255) ttAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATc > 2:1590023/1‑91 (MQ=255) tCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTa < 2:2042991/91‑1 (MQ=255) ataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTa > 1:2884968‑M1/53‑91 (MQ=255) cATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTAc > 2:1173188/1‑91 (MQ=255) cATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTAc < 1:2981161/91‑1 (MQ=255) cATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTAc > 1:1059572/1‑91 (MQ=255) atctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActg > 1:1470765‑M1/50‑91 (MQ=255) tctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgc > 1:2671380‑M1/49‑91 (MQ=255) atTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAGGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgc < 1:3450435/91‑1 (MQ=255) atTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgc < 1:3022363/91‑1 (MQ=255) tttGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgct > 1:566164/1‑91 (MQ=255) ctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgct > 1:734511‑M1/48‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |