| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 176 (0.920) | 18 (0.120) | 10/124 | NT | 13.8% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 89 (0.600) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CGGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1878704‑1878597‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC > USA300TCH1516_ALE/1878652‑1878741 CGGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAG < 2:3671216/91‑1CGGCTTTCTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAG < 2:3456332/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:522333/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:1729647/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |