New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 176 (0.920) | 18 (0.120) | 10/124 | NT | 13.8% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 89 (0.600) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCC > USA300TCH1516_ALE/1878562‑1878742 | tctcTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCg < 1:3775187/91‑1 (MQ=255) tttAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTaa < 2:815234/91‑1 (MQ=255) tttAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTaa > 1:134335/1‑91 (MQ=255) tttAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTaa < 2:2144151/91‑1 (MQ=255) tagtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAAtt > 1:1777627/1‑91 (MQ=255) tagtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAAtt > 1:1945480/1‑91 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa < 1:3149080/91‑1 (MQ=255) agATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGa > 1:835648/1‑91 (MQ=255) agATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGa < 2:1595172/91‑1 (MQ=255) gATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGAt > 1:1408975/1‑91 (MQ=255) tCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTATAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTc > 2:3408189/1‑91 (MQ=255) tCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTc > 1:3775048/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCtt < 2:977064/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCtttt > 1:780303/1‑91 (MQ=255) 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ATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACa > 1:3295255‑M1/1‑91 (MQ=255) TATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACaa < 1:357644‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACaaa > 2:1248513‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACaaa < 2:3210308‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACaaa < 2:2995831‑M1/91‑1 (MQ=255) taacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAacaatg > 2:2405825‑M2/42‑89 (MQ=255) taacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAg > 1:3328869‑M2/42‑91 (MQ=255) taacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAg > 2:2394174‑M2/42‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |