| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1954420 = | 246 (1.290) | 18 (0.100) | 11/152 | NT | 7.5% | coding (319/2994 nt) | nisB | Nisin biosynthesis protein NisB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1954445 = | 209 (1.160) | coding (294/2994 nt) | nisB | Nisin biosynthesis protein NisB | |||||
GTTTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1954512‑1954420‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaaATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > USA300TCH1516_ALE/1954445‑1954534 GTTTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACC < 1:179990/91‑1GTTTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACC > 1:498763/1‑91 TTTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCA < 2:2480491/91‑1 TTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA > 2:1358822/1‑91 TTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA < 2:1124256/91‑1 TTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA > 1:1871210/1‑91 TTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA > 1:2506247/1‑91 TTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA < 1:3188960/91‑1 ATGTCAACACGACCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGTTCATGTACAAAATGCCCCAAATTAATACCACTTAATAATCC < 1:3637681/91‑1 ATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTT > 1:833022/1‑91 TTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAA > 2:1424264/1‑91 TTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACAT < 1:1040679/70‑1 TTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACAT > 2:1040679/1‑70 TGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAA > 1:3541766/1‑91 TGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAA > 2:161188/1‑91 TGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAA > 2:160899/1‑91 TGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAA > 1:651801/1‑91 TGGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAA > 1:220416/1‑91 GGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAAC > 1:420616/1‑91 GGGGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAAC > 1:1652995/1‑91 GGCATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTT > 2:2861861/1‑91 CATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTC > 1:2666586/1‑91 ATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCT > 2:3664536/1‑91 ATTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCT > 2:3664537/1‑91 TTTTGTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTT > 1:2902378/1‑91 GTAAATGAACCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGC > 2:2614774/1‑91 CCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAAC > 1:3194552/1‑91 CCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAAC > 1:1469143/1‑91 CAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACC > 2:1869763/1‑91 AAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCT < 2:1583413/91‑1 AAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCT < 2:2192253/91‑1 AAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCT < 2:2513033/91‑1 AATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > 1:3790905/1‑91 AATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > 1:3789761/1‑91 AATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > 1:3051276/1‑91 AATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > 1:1081536/1‑91 GTTTATTAAAATATTTAATTAGAATGTCAACACGTCCAACTCCATTTGGATTATTAAGTGGTATTAATTTGGGGCATTTTGTAAATGAACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1954512‑1954420‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaaATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAAACTTTCTTTAGCATCTCTAACCTT > USA300TCH1516_ALE/1954445‑1954534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |