| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1954420 = | 246 (1.290) | 18 (0.100) | 11/152 | NT | 7.5% | coding (319/2994 nt) | nisB | Nisin biosynthesis protein NisB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1954445 = | 209 (1.160) | coding (294/2994 nt) | nisB | Nisin biosynthesis protein NisB | |||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CAATACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCAAATTAATACCACTTAATAATCCAAATGGAGTTGGACGTGTTGACATTCTAATTAAATATTTTAATAA > USA300TCH1516_ALE/1954330‑1954510 | caATACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACgtgt < 1:836504/91‑1 (MQ=255)caATACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACgtgt < 1:1901617/91‑1 (MQ=255)caATACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACgtgt < 1:2866105/91‑1 (MQ=255)aaggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatt > 1:3790905‑M1/91‑91 (MQ=255)aaggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatt > 1:3051276‑M1/91‑91 (MQ=255) aggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaattt < 2:2513033‑M1/2‑1 (MQ=255) aggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaattt < 2:2192253‑M1/2‑1 (MQ=255) aggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaattt < 2:1583413‑M1/2‑1 (MQ=255) aaTACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGtt < 2:1180245/91‑1 (MQ=255) aaTACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACCTTAAGACGTGtt < 1:2982635/91‑1 (MQ=255) ggttagagatgctaaagaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTg > 2:1869763‑M1/89‑91 (MQ=255) aTACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTg > 1:1110666/1‑91 (MQ=255) aTACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTg < 1:967817/91‑1 (MQ=255) tACTCTCAATATAACTAACCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTgg < 1:555374/91‑1 (MQ=255) 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actaacCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACaaaa > 2:1738074/1‑91 (MQ=255) actaacCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACaaaa > 1:1410337/1‑91 (MQ=255) ctaacCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAAt < 2:112022/91‑1 (MQ=255) agaaagtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTGGTTCATTTACAAAAt > 2:3664536‑M1/74‑91 (MQ=255) taacCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATg < 2:1693316/91‑1 (MQ=255) aacCAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGc > 2:3674364/1‑91 (MQ=255) ccAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGccc > 2:2395792/1‑91 (MQ=255) ccAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGccc > 2:1606817/1‑91 (MQ=255) ccAGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGccc < 1:1528873/91‑1 (MQ=255) gtttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTGGTTCATTTACAAAATGcccc > 1:420616‑M1/69‑91 (MQ=255) tttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCa > 2:161188‑M1/68‑91 (MQ=255) tttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCa > 1:3541766‑M1/68‑91 (MQ=255) tttattaaaatatttaattagaatgtcaacacgtccaactccatttggattattaagtggtattaatTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCa > 1:220416‑M1/68‑91 (MQ=255) aGTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCa < 1:3124994/91‑1 (MQ=255) gTTTATACAACCATTCGCCATCGACTTTCACATAATTTTGAATACTATTTCCAACTTTAACACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCaa > 2:194139/1‑91 (MQ=255) ttATACAACCATTCGCCATCGACTTTCCCATATTTTTGAATACTATTTCCAACTTTAAGACGTGTTGGTTCATTTACAAAATGCCCCAAAt > 1:2558935/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |