| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2032547 = | 202 (1.060) | 14 (0.080) | 11/144 | NT | 7.4% | intergenic (‑110/+115) | USA300HOU_RS10255/cobQ | hypothetical protein/Cobyric acid synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2032589 = | 169 (0.990) | intergenic (‑152/+73) | USA300HOU_RS10255/cobQ | hypothetical protein/Cobyric acid synthase | |||||
ATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2032644‑2032547‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgtgtGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTCT > USA300TCH1516_ALE/2032589‑2032678 ATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGA < 2:1763476/91‑1ATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGA < 2:3318303/91‑1ATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGA < 2:3700236/91‑1 TGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGAT < 2:1173013/91‑1 GGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACATACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATG > 1:3174868/1‑91 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ATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCA > 2:3041138/1‑91 ATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTG > 1:2563480/1‑91 TTTTGGATGGAAACAACCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTCCTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGA > 2:3060108/1‑91 ATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGAT < 2:760978/91‑1 TGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATT > 2:1526311/1‑91 GTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTT > 1:1914226/1‑91 GTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTT > 1:2172243/1‑91 GTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTT < 2:3643105/91‑1 GTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTT > 2:2517143/1‑91 TGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTC > 1:2922977/1‑91 TGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTC > 1:3327930/1‑91 TGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCAATGTTCAGAGTTAACGAGATTTC > 1:1023962/1‑91 GTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCT < 2:1307812/91‑1 GTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCT < 2:876047/91‑1 GTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCT < 2:3094644/91‑1 GTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCT > 2:2267602/1‑91 TGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTT < 2:1667605/91‑1 TGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTT < 1:1524860/91‑1 TGTGTTTATACATATATGATTAATAACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTT < 2:2390471/91‑1 GTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTC < 2:2237199/91‑1 GTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTC < 2:2551350/91‑1 TGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTCT < 1:2645771/91‑1 ATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2032644‑2032547‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgtgtGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTCT > USA300TCH1516_ALE/2032589‑2032678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |