New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2032547 = | 202 (1.060) | 14 (0.080) | 11/144 | NT | 7.4% | intergenic (‑110/+115) | USA300HOU_RS10255/cobQ | hypothetical protein/Cobyric acid synthase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2032589 = | 169 (0.990) | intergenic (‑152/+73) | USA300HOU_RS10255/cobQ | hypothetical protein/Cobyric acid synthase |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TCTAGGATAGATACTCATTGTATAATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTATCAATATTAAATCCATTGATGCGATGTTCAGAGTTAACGAGATTTCTTCTG > USA300TCH1516_ALE/2032499‑2032679 | aatattgataaacgatgaagtttagtaattaatcatatatgtataaacACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCGAAAATAAtgtgtgtg > 1:1464360‑M1/49‑91 (MQ=255) aatattgataaacgatgaagtttagtaattaatcatatatgtataaacACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAAtgtgtgtg > 2:1467098‑M1/49‑91 (MQ=255) cTAGGATAGATACTCATTGTATAATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATgtgtgtgt > 2:1384944/1‑91 (MQ=255) ggATAGATACTCATTGTATAATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTta < 2:1938320/91‑1 (MQ=255) agataCTCATTGTATAATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACa < 1:1506941/91‑1 (MQ=255) agataCTCATTGTATAATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACa > 2:2259472/1‑91 (MQ=255) 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tataATAATTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGattaat < 1:1186969/91‑1 (MQ=255) ttagtaattaatcatatatgtataaacACACA‑‑TCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTAc > 1:3778693‑M1/28‑91 (MQ=255) taataaTTATTAACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGattaatta < 2:2176972/91‑1 (MQ=255) aataatTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTAc < 1:2027524/91‑1 (MQ=255) ataatTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACt < 1:734883/91‑1 (MQ=255) taatTATTCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAAGGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTa < 2:3811032/91‑1 (MQ=255) attattCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTaaa < 2:2318399/91‑1 (MQ=255) attattCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTaaa > 2:1703176/1‑91 (MQ=255) 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tCACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCa > 1:1377341/1‑91 (MQ=255) cACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCAt > 1:2729005/1‑91 (MQ=255) cACTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCAt > 2:3591704/1‑91 (MQ=255) aCTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATc > 2:1944016/1‑91 (MQ=255) cTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCg > 2:2272697/1‑91 (MQ=255) cTAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCg < 2:2741684/91‑1 (MQ=255) tAGAACAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGt < 1:1045301/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAAAACACACATCAATTTGGTTGTTTCCATCCAAAATAATGTGTGTGTTTATACATATATGATTAATTACTAAACTTCATCGTTTa < 2:3044971/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |