| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2055574 = | 186 (0.980) | 10 (0.060) | 8/142 | NT | 5.9% | intergenic (‑715/‑146) | purB/sspP | Adenylosuccinate lyase/Staphopain A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2055599 = | 152 (0.900) | intergenic (‑740/‑121) | purB/sspP | Adenylosuccinate lyase/Staphopain A | |||||
TAAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTTACTAAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2055672‑2055574‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tactaaattATTACATAAACTGATAATGTGTAAAAATTAATTATTTTTTAAACATAGATTAAAATTTTATATTGAAACTCTTAACTAAATTTAATATAA > USA300TCH1516_ALE/2055599‑2055688 TAAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTT < 2:2848290/91‑1TAAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTT > 1:473714/1‑91 AAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTTA > 1:2899852/1‑91 AAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTTA < 2:2795089/91‑1 AAGAGTTTCAATATAAAATTTTAATCTATGTTTAAAAAATAATTAATTTTTACACATTATCAGTTTATGTAATAATTTAGTAGCTTATTTA > 1:3808/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |