| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2073758 | 170 (0.890) | 17 (0.110) | 9/136 | NT | 9.4% | intergenic (+16/+41) | USA300HOU_RS10455/USA300HOU_RS10460 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2073772 | 182 (1.130) | intergenic (+30/+27) | USA300HOU_RS10455/USA300HOU_RS10460 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TCAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2073657‑2073758‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caccgatattagGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG < USA300TCH1516_ALE/2073772‑2073683 TCAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAAC < 1:1539431/91‑1TCAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAAGAAC < 2:3444685/91‑1 CAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACA > 1:2533738/1‑91 CAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACA < 2:1044118/91‑1 AAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACAC > 1:2638773/1‑91 AAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACAC < 1:3415785/91‑1 AATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACC > 2:3143653/1‑91 AATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACC > 1:1725673/1‑91 AATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACC > 1:1725708/1‑91 AATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACC < 1:3580718/91‑1 AATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACC < 2:1086062/91‑1 ATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTAGTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCG > 2:2940837/1‑91 ATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTAATGGCAATATCGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCG > 2:2940868/1‑91 CATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGAT < 1:2041512/91‑1 CATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGAT > 2:3090256/1‑91 ATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATA > 1:375438/1‑91 ATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATA > 2:2947388/1‑91 ATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATA > 2:97438/1‑91 TGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATACCACCGATAT > 1:3713040/1‑91 TGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATAT < 2:1051761/91‑1 GGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATT > 1:1747594/1‑91 GGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATT > 1:1748450/1‑91 TTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAG > 1:3577989/1‑91 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TCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTG < 2:1378685/91‑1 CACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGT < 1:1032560/91‑1 CTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTA < 1:3023887/91‑1 CTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTA < 2:556771/91‑1 TTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATT < 1:3851294/91‑1 TACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTT < 2:3243147/91‑1 TACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTT < 2:3243260/91‑1 TACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTT < 1:3756912/91‑1 ACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAG > 1:1045781/1‑91 ACCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAG > 2:1321720/1‑91 CCGATCTTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGT < 2:3139323/91‑1 CCGATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGT < 1:218898/91‑1 GATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGA < 1:740461/91‑1 ATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGAT < 1:209213/91‑1 ATATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGAT < 2:3157742/91‑1 TATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATA > 1:1213644/1‑91 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 2:1099031/91‑1 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 1:347595/91‑1 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 2:544281/91‑1 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 2:544180/91‑1 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 1:3221551/91‑1 ATTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATAT < 1:1270755/91‑1 TTAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATT > 1:1757618/1‑91 TAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTGTCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTA > 1:2105536/1‑91 TAGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTA > 2:2340828/1‑91 AGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAA < 1:1424636/91‑1 AGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAA > 1:2179998/1‑91 AGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAA < 1:1424671/91‑1 AGGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAA > 1:2248758/1‑91 GGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG > 1:2687653/1‑91 GGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG > 2:3729556/1‑91 GGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG < 1:379475/91‑1 GGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG < 1:2315089/91‑1 GGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG < 2:769003/91‑1 TCAAATCATGGTTAGATGGTCAAGACCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2073657‑2073758‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caccgatattagGAAGCATAATTTCTCTAATATCGGTGTTATTTATTTGTTGGCAAAAGTTAAGTCGGTATCTATATTGCCAGTAAAGTGAGTGATATTAAG < USA300TCH1516_ALE/2073772‑2073683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |