New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2073758 | 170 (0.890) | 17 (0.110) | 9/136 | NT | 9.4% | intergenic (+16/+41) | USA300HOU_RS10455/USA300HOU_RS10460 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2073772 | 182 (1.130) | intergenic (+30/+27) | USA300HOU_RS10455/USA300HOU_RS10460 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CCTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGTATAAAATTCTAAAACATTGTCGCTTTTCCCAACT > USA300TCH1516_ALE/2073682‑2073862 | ccTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTc < 2:911987/91‑1 (MQ=255) ccTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTc < 1:2193388/91‑1 (MQ=255) cTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCc < 2:769003‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCc > 2:3729556‑M2/1‑90 (MQ=255) ttAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCct > 1:2179998‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAATATCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCct < 1:1424671‑M2/91‑3 (MQ=255) atatCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaat < 1:3221551‑M2/91‑6 (MQ=255) atatCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaat < 1:347595‑M2/91‑6 (MQ=255) atatCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaat < 2:1099031‑M2/91‑6 (MQ=255) atatCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaat < 1:1270755‑M2/91‑6 (MQ=255) atCACTCACTTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaatat < 2:3157742‑M2/91‑8 (MQ=255) cactTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGc < 1:735922/91‑1 (MQ=255) ctTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCtt < 2:1374209/91‑1 (MQ=255) ctTTACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCtt < 2:1006426/91‑1 (MQ=255) tttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTa < 1:1421660/91‑1 (MQ=255) tttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTa > 2:481097/1‑91 (MQ=255) ttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATATCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTAc > 2:3012533/1‑91 (MQ=255) ttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTAc > 1:251832/1‑91 (MQ=255) ttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTAc > 1:1818758/1‑91 (MQ=255) ttACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTAc < 2:2337798/91‑1 (MQ=255) tACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACa > 1:3650617/1‑91 (MQ=255) tACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACa < 2:3565654/91‑1 (MQ=255) tACTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACa < 1:97438/91‑1 (MQ=255) aCTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACAt > 1:3373693/1‑91 (MQ=255) aCTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGATTACAt > 2:609857/1‑91 (MQ=255) cTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATc < 2:2275238/91‑1 (MQ=255) cTGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATc > 2:550046/1‑91 (MQ=255) tGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATcc > 1:123728/1‑91 (MQ=255) tGGCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATcc < 1:1173066/91‑1 (MQ=255) ggCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCt < 1:120511/91‑1 (MQ=255) gCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCtt < 2:707799/91‑1 (MQ=255) gCAATATAGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCtt > 1:1870812/1‑91 (MQ=255) taGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCtttattta > 1:1032550/1‑91 (MQ=255) taGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCtttattta < 2:680136/91‑1 (MQ=255) aGATACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTttatttat > 2:1654338/1‑91 (MQ=255) aTACCGACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTc > 1:1846646/1‑91 (MQ=255) gACTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACtt > 2:457562/1‑91 (MQ=255) aCTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACttt > 2:1242136/1‑91 (MQ=255) aCTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACttt < 1:578650/91‑1 (MQ=255) cTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTg < 1:2133890/91‑1 (MQ=255) cTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTg > 2:3858637/1‑91 (MQ=255) cTTAACTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTg > 1:2081804/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGata > 2:1637829/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGatat > 1:999262/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGatat > 2:2837411/1‑91 (MQ=255) cTTTTGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATAtt > 1:1018988/1‑91 (MQ=255) ttttGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTa < 1:148637/91‑1 (MQ=255) ttGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTAcc > 1:129294/1‑91 (MQ=255) ttGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTAcc < 1:3269918/91‑1 (MQ=255) tGCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCa < 1:1706875/91‑1 (MQ=255) gCCAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCAt < 1:273773/91‑1 (MQ=255) ccAACAAATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATc < 1:474666/91‑1 (MQ=255) caacaaATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCa > 1:1566635/1‑91 (MQ=255) aacaaATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCaa < 2:2666609/91‑1 (MQ=255) aacaaATAAATAACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCaa > 1:2433319/1‑91 (MQ=255) aataaataACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGt < 2:1314170/91‑1 (MQ=255) aataaataACACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGt < 2:3468873/91‑1 (MQ=255) ataaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGta < 1:2723047/91‑1 (MQ=255) taaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGtat > 2:2045248/1‑91 (MQ=255) taaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACCTTGATATTACCATCAATCGtat < 2:1387945/91‑1 (MQ=255) aaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaatatcggtgttatttatttgttggcaaaagttaagtcggtatctatattgccagta < 2:3243260‑M2/91‑60 (MQ=255) aaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaatatcggtgttatttatttgttggcaaaagttaagtcggtatctatattgccagta < 1:3756912‑M2/91‑60 (MQ=255) aaataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGtata > 1:2684731/1‑91 (MQ=255) aataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaatatcggtgttatttatttgttggcaaaagttaagtcggtatctatattgccagtaa < 1:3851294‑M2/91‑61 (MQ=255) ataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGTATaaa > 2:3282685/1‑91 (MQ=255) ataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGTATaaa > 2:367897/1‑91 (MQ=255) ataaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGTATaaa < 1:1049236/91‑1 (MQ=255) taaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCctaatatcggtgttatttatttgttggcaaaagttaagtcggtatctatattgccagtaaag < 1:3023887‑M2/91‑63 (MQ=255) taaCACCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATCAATCGTATaaaa < 2:1514746/91‑1 (MQ=255) acacCGATATTAGAGAAATTATGCTTCCTAATATCGGTGCTTACATCCTTTATTTATTCAACTTTGATATTACCATTAATCGTATAAAAtt > 2:239588/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |