| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 114 (0.600) | 24 (0.150) | 12/132 | NT | 18.6% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 116 (0.740) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 1:1209373/1‑91ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 2:285623/91‑1 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG < 2:2649800/91‑1 AATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATG < 2:2403222/91‑1 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 1:2026477/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 2:875748/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 2:3300402/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT > 2:3105073/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:2108327/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 2:2107431/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:156735/91‑1 GGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTTATCTACAGATAAGTAATACTATAAACAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTT < 2:3612299/91‑1 tATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG > 1:2366712/2‑91 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG > 1:601312/1‑91 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:1725910/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG > 2:1415528/1‑91 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 2:3756352/91‑1 ATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG > 2:1501592/1‑91 TGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGC > 1:2232257/1‑91 TGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGC > 2:1992769/1‑91 TGTTTAAATCTTACTTAAGCTAACCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGC < 1:73612/91‑1 GTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCT < 1:1429434/91‑1 TTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTT < 2:3437192/91‑1 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AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 2:1994966/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 2:663631/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:2776751/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 2:2929029/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:136980/1‑91 ATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGC > 2:3669274/1‑91 ATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGC > 1:2435978/1‑91 TGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGGTTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCA > 1:1681751/1‑91 TGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCA < 2:105229/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |