| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 114 (0.600) | 24 (0.150) | 12/132 | NT | 18.6% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 116 (0.740) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTA > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256486 | tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata > 1:3081720‑M1/91‑91 (MQ=255)tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata < 2:397171‑M1/1‑1 (MQ=255) ttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAA > 1:1744601‑M1/1‑91 (MQ=255) gtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataa < 2:513439‑M1/2‑1 (MQ=255) tttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaa > 2:3478021‑M1/89‑91 (MQ=255) ttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaaa > 2:740056‑M1/88‑91 (MQ=255) ttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaaa < 1:347895‑M1/4‑1 (MQ=255) acacAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAA < 1:1181183‑M1/91‑1 (MQ=255) acacAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAA > 2:1266555‑M1/1‑91 (MQ=255) cacaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG > 2:696710‑M1/1‑91 (MQ=255) caAATGATTGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCC < 2:3397186‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 2:2287865‑M1/1‑91 (MQ=255) gtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAac > 1:496617‑M1/82‑91 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 1:3567463‑M1/91‑1 (MQ=255) 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cTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGt < 2:879302/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 2:682280/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:1091210/91‑1 (MQ=255) ttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt < 1:3451515/91‑1 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatac < 1:3800926‑M1/91‑13 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATc > 1:61617/1‑91 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATc < 2:2126345/91‑1 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATc < 1:1562942/91‑1 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc > 2:2366712/1‑91 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc > 1:1424483/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcccc < 2:1848625/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcccc > 2:913486/1‑91 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 2:139275/91‑1 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 2:2776751‑M1/60‑91 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:136980‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:1779088‑M1/59‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:2878460‑M1/59‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccaga < 2:3199958‑M1/91‑20 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaa < 2:2844996‑M1/91‑21 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTCTCCCCATTTa < 1:3342767‑M2/91‑2 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa < 2:3078842‑M2/91‑2 (MQ=255) taattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:1026634‑M1/57‑91 (MQ=255) taattggatgtgtaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataagataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 2:2954443‑M1/57‑91 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatg < 1:3773723‑M1/91‑23 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 2:422538‑M1/56‑91 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 2:1539054‑M1/56‑91 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 1:2314146‑M1/56‑91 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 2:1672266‑M1/56‑91 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 1:660932‑M1/91‑24 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 2:2725117‑M1/91‑24 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 1:428159‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAACGTATTTAAATTGACTGTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgt < 1:1931279‑M1/91‑24 (MQ=255) attggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtgt > 1:2621269‑M1/55‑91 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTCACAATGCGCTTAATCTCAAAAAGCCATCACATGCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg > 2:3568375‑M2/1‑86 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtg < 2:1320419‑M2/91‑6 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgtt < 1:2849137‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttg < 2:1492559‑M1/91‑28 (MQ=255) tgtttaaatcttacttaagctaatctacagctaagtaataatataactAAAAGCCCACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGc > 2:1155265‑M1/49‑91 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:2768254‑M2/91‑11 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct < 1:121628‑M2/91‑12 (MQ=255) 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aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:1819936/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatta > 2:2895569/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt < 1:2657589/91‑1 (MQ=255) ttAATTACTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt > 1:3016908/1‑91 (MQ=255) tAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta > 1:183759/1‑91 (MQ=255) aaTTCCTCTTTGACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 2:302488/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACt < 1:2071614/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGt < 2:2239533/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |