| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2326404 = | 168 (0.880) | 24 (0.140) | 17/146 | NT | 13.9% | intergenic (‑149/+117) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2326426 = | 143 (0.820) | intergenic (‑171/+95) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase | |||||
ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2326500‑2326404‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATC > USA300TCH1516_ALE/2326426‑2326515 ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 2:2257872/91‑1ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACAC < 2:2257871/91‑1 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC > 1:1315350/1‑91 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 2:2092506/91‑1 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 2:110375/91‑1 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 2:110331/91‑1 TCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACC < 2:110268/91‑1 AGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCAT < 1:105474/91‑1 GTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATT < 2:1415354/91‑1 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:697731/1‑91 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG < 2:550406/91‑1 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:2041995/1‑91 TCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTG > 2:2039562/1‑91 CGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA > 2:1442990/1‑91 CGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA < 2:2551638/91‑1 GCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAAT < 2:158854/91‑1 CTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATA < 1:143292/91‑1 TGGTAGGTCTTTATTTCTAGAAAGAGATGAATTAAAGATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATAT < 2:3703555/91‑1 GGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATA < 1:2245791/91‑1 GTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATAT < 2:554710/91‑1 GTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATAT < 2:554652/91‑1 GGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAA < 2:2069748/91‑1 GGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAA < 2:2069728/91‑1 TTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATG < 1:2943575/91‑1 ATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTAT < 1:2327355/91‑1 ATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTAT < 1:2327556/91‑1 ATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCTTCTACATATGTATATATTAATCAATGGAGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGC < 1:461994/91‑1 ATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGC < 1:494777/91‑1 AAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGT < 2:3720524/91‑1 CAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGA > 1:1814655/1‑91 AATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGAC > 1:2512534/1‑91 AATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGAC > 1:239757/1‑91 TGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTG > 1:203771/1‑91 GG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGA > 2:102946/1‑91 G‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGAT < 2:143292/91‑1 GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCCACTGATA > 1:1933470/1‑91 TGACACACCATTGCTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 2:584733/1‑91 TGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 2:2605651/1‑91 TGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 1:2714269/1‑91 TGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAG > 1:2714173/1‑91 CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAACACTCGACTGATAGGCCTTTT < 2:2847189/91‑1 CATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTA > 2:320973/1‑91 CATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACCGATAGGCCTTTTA > 1:1010844/1‑91 TTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAAT > 1:580222/1‑91 ATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATC > 1:1657593/1‑91 ATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATC < 1:1930941/91‑1 ATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATC < 1:1930969/91‑1 ATCAGTCGAGTGCTGGTAGGTCTTTATTTATAGAAAGAGATAAATTAAACATGCATATACATATTTATATATTAATCAATGG‑GTGACACACCATTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2326500‑2326404‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATC > USA300TCH1516_ALE/2326426‑2326515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |