| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2326404 = | 168 (0.880) | 24 (0.140) | 17/146 | NT | 13.9% | intergenic (‑149/+117) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2326426 = | 143 (0.820) | intergenic (‑171/+95) | USA300HOU_RS11860/lacG | hypothetical protein/6‑phospho‑beta‑galactosidase | |||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCT > USA300TCH1516_ALE/2326336‑2326516 | catTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGAt > 1:661217/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAat > 1:1503596/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAata < 1:1118595/91‑1 (MQ=255) ctggtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAata < 1:143292‑M2/6‑1 (MQ=255) cTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatat > 2:1941936/1‑91 (MQ=255) ttttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatata > 2:3257636/1‑91 (MQ=255) ttttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatata < 2:3850804/91‑1 (MQ=255) tttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAatatat < 2:702299/91‑1 (MQ=255) ttAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAAtatata > 2:815723/1‑91 (MQ=255) gtaggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAatatat < 2:554710‑M2/9‑1 (MQ=255) ggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAATATATaaa < 2:2069748‑M2/12‑1 (MQ=255) ggtctttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAATATATaaa < 2:2069728‑M2/12‑1 (MQ=255) gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata < 2:1328676/91‑1 (MQ=255) gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata > 1:3661169/1‑91 (MQ=255) gATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAata < 2:647130/91‑1 (MQ=255) aTGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAatat > 2:3522413/1‑91 (MQ=255) tGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATg > 2:3116458/1‑91 (MQ=255) tGACTTTGGAAAGTTGCCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTGCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CTATTGATTAATATATAAATATg > 2:2320540/1‑91 (MQ=255) tttatttatagaaagagataaattaaacatgcatatacatatttatatattaatcaatggtgtgtcacccattgaTTAATATATAAATATg < 1:2943575‑M2/16‑1 (MQ=255) gACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGt > 2:3764474/1‑91 (MQ=255) tGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATg < 2:2027851/91‑1 (MQ=255) tGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATg > 2:3302247/1‑91 (MQ=255) ggAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGc > 2:613900/1‑91 (MQ=255) ggAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGc < 1:3742982/91‑1 (MQ=255) ggAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGc > 1:508672/1‑91 (MQ=255) gAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGTTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCa < 1:3438889/91‑1 (MQ=255) atagaaagagataaattaaacatgcttctacatatgtatatattaatcaatggagtgtcacccattgaTTAATATATAAATATGTATATGc < 1:461994‑M2/23‑1 (MQ=255) aaaGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCAt > 2:1731103/1‑91 (MQ=255) aaaGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCAt < 2:1915911/91‑1 (MQ=255) aaaGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTACTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCAt < 2:2178878/91‑1 (MQ=255) aGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGt < 1:3515647/91‑1 (MQ=255) gTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGtt > 1:1041703/1‑91 (MQ=255) ttGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGttt > 1:589028/1‑91 (MQ=255) ttGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGttt > 1:588736/1‑91 (MQ=255) gTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTaa > 2:2408163/1‑91 (MQ=255) gTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTaa < 1:1532189/91‑1 (MQ=255) gTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTaa < 2:2511598/91‑1 (MQ=255) gTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTaa < 1:1885746/91‑1 (MQ=255) ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt > 1:269330/1‑91 (MQ=255) ccGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAtt > 1:992736/1‑91 (MQ=255) cGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAttt < 2:573538/91‑1 (MQ=255) cGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAttt < 1:1808712/91‑1 (MQ=255) cGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAAttt > 2:39976/1‑91 (MQ=255) gTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTa < 1:178249/91‑1 (MQ=255) aaCGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑ACATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTAtct > 2:3476134/1‑91 (MQ=255) gTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCtt < 1:3844170/91‑1 (MQ=255) gTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCtt > 1:769443/1‑91 (MQ=255) acatgcatatacatatttatatattaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCttt < 2:3720524‑M1/64‑1 (MQ=255) tGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCt > 1:2431918/1‑91 (MQ=255) tGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCt > 1:2359373/1‑91 (MQ=255) tGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCt > 2:3053475/1‑91 (MQ=255) gTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCta < 2:508400/91‑1 (MQ=255) ttAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCtat < 2:3429921/91‑1 (MQ=255) tAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCtata < 1:2906776/91‑1 (MQ=255) ttgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaat > 1:3312545/1‑91 (MQ=255) atacatatttatatattaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaat < 1:2327355‑M1/72‑1 (MQ=255) atacatatttatatattaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaat < 1:2327556‑M1/72‑1 (MQ=255) tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata < 2:2450030/91‑1 (MQ=255) tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata < 1:2821605/91‑1 (MQ=255) tgattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaata < 1:2706076/91‑1 (MQ=255) gattgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTataaataa < 1:1164776/91‑1 (MQ=255) ttgCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAg < 1:1054350/91‑1 (MQ=255) 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attaaTCAATGG‑GTGACACACCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGc < 2:158854‑M1/86‑1 (MQ=255) gCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACTAGCa > 1:3233813/1‑91 (MQ=255) cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTATCAgtcg < 2:675404/91‑4 (MQ=255) cTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCAc > 1:3773097/1‑91 (MQ=255) TCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCg > 2:1442990‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGa > 2:2041995‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGa > 2:697731‑M1/1‑91 (MQ=255) AATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGAc < 2:1415354‑M1/91‑1 (MQ=255) 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gtgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCCACTGATa > 1:1933470‑M2/16‑91 (MQ=255) tgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAg > 2:2605651‑M2/15‑91 (MQ=255) tgacacaccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAg > 1:2714269‑M2/15‑91 (MQ=255) tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc > 1:1376943/1‑91 (MQ=255) tCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGcc > 1:54606/1‑91 (MQ=255) cAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCt > 1:2016297/1‑91 (MQ=255) aC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTCTCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCtt < 1:3867185/91‑1 (MQ=255) ccattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAACACTCGACTGATAGGCCtttt < 2:2847189‑M2/84‑1 (MQ=255) cattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTa > 2:320973‑M2/7‑91 (MQ=255) cattgaTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACCGATAGGCCTTTTa > 1:1010844‑M2/7‑91 (MQ=255) aTTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATc < 1:1930941‑M2/90‑1 (MQ=255) ttAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCt > 2:1502122/1‑91 (MQ=255) ttAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCt > 2:449389/1‑91 (MQ=255) ttAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCt > 2:3441964/1‑91 (MQ=255) | CATTAACTTTTAAGATGACTTTGGAAAGTTGTCCGTTAACGTTTGTTAATTGATTGCTTCTTTAGCTTTCAATGGTGTGTCAC‑CCATTGATTAATATATAAATATGTATATGCATGTTTAATTTATCTCTTTCTATAAATAAAGACCTACCAGCACTCGACTGATAGGCCTTTTAATATCT > USA300TCH1516_ALE/2326336‑2326516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |