| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2380461 = | 161 (0.850) | 22 (0.140) | 17/132 | NT | 13.7% | intergenic (+134/+53) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2380507 = | 145 (0.920) | intergenic (+180/+7) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
GTAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2380564‑2380461‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttttatggcttttATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGTTAATAAAGTTGATG > USA300TCH1516_ALE/2380507‑2380596 GTAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTAC > 2:2912079/1‑91 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTTAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT < 2:3420522/91‑1 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT < 1:381425/91‑1 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT > 1:797207/1‑91 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACT > 1:1930365/1‑91 TAATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATAGACTACT > 1:1946604/1‑91 AATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTT < 2:3541130/91‑1 AATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTT < 2:3539941/91‑1 ATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT < 1:3693868/91‑1 ATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT > 1:3728360/1‑91 ATATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT > 1:2383482/1‑91 TATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTT < 1:1427996/91‑1 ATATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTA > 1:2245641/1‑91 TATGAAATTCTCTTTACTTTAAAAAAACGATTCACTAAACGATAGATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTAT > 2:2260127/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |