| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2380461 = | 161 (0.850) | 22 (0.140) | 17/132 | NT | 13.7% | intergenic (+134/+53) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2380507 = | 145 (0.920) | intergenic (+180/+7) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380551 | catcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatata < 1:2964944‑M1/1‑1 (MQ=255) ttatCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAACAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA > 2:3353956‑M1/1‑91 (MQ=255) atcaactttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatataa > 1:2029471‑M1/90‑91 (MQ=255) atCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:3386170‑M1/91‑1 (MQ=255) atCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:3776174‑M1/91‑1 (MQ=255) actttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGc < 2:47544‑M1/6‑1 (MQ=255) ggATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCC < 2:3739425‑M1/91‑1 (MQ=255) ctttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGcc < 1:2507425‑M1/7‑1 (MQ=255) tttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCa > 2:2456916‑M1/84‑91 (MQ=255) gATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCA > 2:2812442‑M1/1‑91 (MQ=255) ttattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAt > 1:3812642‑M1/83‑91 (MQ=255) aTTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT < 1:2348018‑M1/91‑1 (MQ=255) tattaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑a > 1:2606387‑M1/82‑91 (MQ=255) tACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AA < 2:724293‑M1/91‑1 (MQ=255) ttaacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑aaa > 2:1629383‑M1/80‑91 (MQ=255) aacacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgaaagataatatAAAAGCCAt‑aaaac < 2:538788‑M1/14‑2 (MQ=255) aTGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAG > 1:3067212‑M1/1‑91 (MQ=255) gctGAATGCCAGTATTGTTTTATGAACACATCGATTAACTCGCACGTGAAACAAGGTCTAAAAATTCAAATGTTAAAACGCCTT‑AACagca > 2:3002388/3‑89 (MQ=255) gTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAagta > 2:3790202/1‑91 (MQ=255) cacttgtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAagta > 1:3172192‑M1/76‑91 (MQ=255) gAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTc > 1:1996888/1‑91 (MQ=255) gtagttgtaccagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCaa > 1:359878‑M1/71‑91 (MQ=255) aTGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCaa < 2:320214/91‑1 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAat > 1:1796688/1‑91 (MQ=255) gCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAata < 2:16046/91‑1 (MQ=255) cAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATc < 2:1791196/91‑1 (MQ=255) aGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGAACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatat < 2:891886‑M1/91‑13 (MQ=255) gTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCAt < 1:668083/91‑1 (MQ=255) tATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATg > 1:1280128/1‑91 (MQ=255) tATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATg > 2:1186532/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGa > 2:1927998/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGAc < 2:116469/91‑1 (MQ=255) cagtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGAcc > 1:1610711‑M1/61‑91 (MQ=255) tttttaTTAACACATCGACTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAAGTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgacta < 2:1651982‑M1/90‑19 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgacta < 1:1890940‑M1/91‑19 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 2:1040717/1‑91 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCg < 1:3302139/91‑1 (MQ=255) gTTTTATTAACACACCGATTGAGTCGCACGTCATATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCg < 2:3742836/91‑1 (MQ=255) agtaatatatgaaattctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:1132077‑M1/60‑91 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactact < 1:2270681‑M1/91‑21 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttt > 2:2520266‑M2/1‑87 (MQ=255) attaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGctttt > 1:141682‑M2/1‑86 (MQ=255) ttaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactactttta < 1:3515881‑M1/91‑25 (MQ=255) ttaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactactttta < 1:2684193‑M1/91‑25 (MQ=255) ttaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactactttta < 1:2936358‑M1/91‑25 (MQ=255) taACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactacttttat < 1:1960968‑M1/91‑26 (MQ=255) acacATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatgg > 2:3410360‑M2/1‑82 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc > 1:1657979‑M2/1‑81 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGctattatggc < 2:1115998‑M2/91‑11 (MQ=255) acaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggc < 2:3180992‑M1/91‑29 (MQ=255) acaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcgtgatattgactacttttatggct < 2:150613‑M1/91‑30 (MQ=255) acaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggct > 2:2336485‑M2/1‑80 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggcttt < 2:2029555‑M2/91‑14 (MQ=255) tctctttactttaaaaaaacgattcactaaaggatagataatatGAAAGCCAT‑GAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:3100104‑M1/45‑91 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 2:147963/1‑91 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta < 1:1879419/91‑1 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:3455401/1‑91 (MQ=255) ctctttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtat > 1:2693797‑M1/44‑91 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat < 1:1572225/91‑1 (MQ=255) tttactttaaaaaaacgattcactaaacgatagataatatAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatt > 2:2256057‑M1/41‑91 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:2812442/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:955445/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:2128077/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAAGTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:414532/91‑1 (MQ=255) tCGCACGTGAATTAAGTTCTAAAATTACAAAGTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgcctacttttatggctttttaaaatttg < 1:1347956‑M1/91‑42 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct > 1:225146/1‑91 (MQ=255) gCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctat > 1:3767996/1‑91 (MQ=255) gCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctat > 2:241506/1‑91 (MQ=255) gCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctat > 1:667594/1‑91 (MQ=255) aCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCg > 1:1398732/1‑91 (MQ=255) 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tAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttt > 1:796782/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtttt > 2:3499288/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaa > 1:2878344/1‑91 (MQ=255) cAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGAc < 2:670174/39‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaa < 2:1280128/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaa < 1:3024350/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaa > 1:366458/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:2101953/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag > 2:597988/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:273611/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 2:2669522/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAaga < 1:3857068/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 1:951780/91‑1 (MQ=255) aaaaGCCAT‑AAAAGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcga < 1:1781710‑M1/91‑78 (MQ=255) | ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCAT‑AAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |