| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2469808 = | 176 (0.920) | 13 (0.080) | 9/142 | NT | 8.2% | intergenic (+151/+95) | USA300HOU_RS12715/emrB | hypothetical protein/Multidrug export protein EmrB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2469843 = | 134 (0.790) | intergenic (+186/+60) | USA300HOU_RS12715/emrB | hypothetical protein/Multidrug export protein EmrB | |||||
ATAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2469906‑2469808‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgatactttAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATTTATTCATGATTGATACTATTATCTGCATC > USA300TCH1516_ALE/2469843‑2469932 ATAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATC < 2:2409146/91‑1 TAAATAAAATCAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 2:2912521/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:3617975/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:129703/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:472037/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:674416/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:677133/91‑1 TAAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCG < 1:963785/91‑1 AAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGA > 1:1000794/1‑91 AAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGA < 1:414010/91‑1 AAATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGA > 1:999287/1‑91 AATGAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGAT < 2:1153533/91‑1 AATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGAT < 1:2719698/91‑1 ATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATA < 2:2329922/91‑1 TAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGAaac < 2:1738478/91‑4 TAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATAC < 1:2022600/91‑1 TAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATAC > 2:2485489/1‑91 TAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATAC < 2:3619055/91‑1 AAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACT > 1:1068597/1‑91 AAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACT > 1:1675388/1‑91 AAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACTT < 2:1683626/91‑1 AATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACTTT < 1:2309529/91‑1 AATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTTTAAAGTATCGGTGCCAAATATGGTTATCGATACTTT > 1:774547/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |