New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2469808 = | 176 (0.920) | 13 (0.080) | 9/142 | NT | 8.2% | intergenic (+151/+95) | USA300HOU_RS12715/emrB | hypothetical protein/Multidrug export protein EmrB |
? | USA300TCH1516_ALE | 2469843 = | 134 (0.790) | intergenic (+186/+60) | USA300HOU_RS12715/emrB | hypothetical protein/Multidrug export protein EmrB |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATTTATTCATGATTGATACTATTATCTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/2469754‑2469933 | taaattaattgaagtgtgactaatcaaaaattatgttgtggggacatgatttttAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTaa > 2:1182728‑M1/55‑91 (MQ=255) cAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTaa > 1:2378452/1‑91 (MQ=255) cAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTaa < 1:2673663/91‑1 (MQ=255) tGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTaaaaa > 2:1843753/1‑91 (MQ=255) tGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTaaaaa < 1:2387624/91‑1 (MQ=255) gCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTATAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATTTGGCACCGATACTTTAAAAAt > 1:1206199/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |