| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 181 (0.950) | 23 (0.140) | 12/136 | NT | 13.3% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 146 (0.900) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2483185‑2483085‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcaggaggtaTCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2483126‑2483215 TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAACGTGAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTT < 1:3029071/91‑1 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT < 2:1969646/91‑1 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT > 2:1377247/1‑91 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT > 2:1377434/1‑91 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT > 2:158880/1‑91 TGTTTAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAGATGTTTTTTC < 2:122549/91‑1 TGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTC < 2:115197/91‑1 TGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTC < 2:115094/91‑1 TGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTC > 1:2957703/1‑91 GTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCA > 1:435672/1‑91 GTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCA < 2:3210599/91‑1 TTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAG > 2:1681625/1‑91 TTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAG > 1:839953/1‑91 TTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAG > 2:1681403/1‑91 TGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGG < 2:1146995/91‑1 ATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGG > 1:2212034/1‑91 ATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGG < 1:915211/91‑1 ATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGG < 1:915103/91‑1 ATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGG < 1:1794011/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 2:1539300/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 2:2838011/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 1:2494851/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 1:2494740/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 1:653976/91‑1 GGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA < 2:473901/91‑1 GCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACT > 1:338236/1‑91 AAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTT > 1:2364054/1‑91 AAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTT > 2:2836423/1‑91 AAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTT > 2:1348486/1‑91 AAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTT > 2:1349411/1‑91 ATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTAC > 1:338262/1‑91 CTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATT > 2:3877570/1‑91 TGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAAC > 1:723853/1‑91 GAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACA > 1:20175/1‑91 GAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACA > 1:587645/1‑91 GAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACA > 1:2277190/1‑91 GAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACA > 1:20138/1‑91 GAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT‑AGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAA > 2:1761572/1‑91 AAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAA > 2:200925/1‑91 ATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAA > 1:72299/1‑91 TAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAct > 2:1890078/1‑89 TAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAAT > 1:2237394/1‑91 TAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAAT > 2:2199549/1‑91 AAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATT > 1:1007731/1‑91 AAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATT > 1:3476949/1‑91 AAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATT > 1:2792363/1‑91 AAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTT > 1:2746761/1‑91 ATGTTTTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATC > 1:2905740/1‑91 TTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGT < 1:570792/91‑1 TTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGT < 1:2243927/91‑1 TTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGT < 1:1091144/91‑1 TTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTC > 1:36818/1‑91 TTCAGGAGGTATCTTCTATATTGATTAGCGCTTTCTCACCACTTAACC‑TTTAATTTTTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGTTGGTC > 2:2660598/1‑91 TCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCA < 1:607185/91‑1 TCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCA < 2:2321600/91‑1 TCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCA < 1:3384211/91‑1 CAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCA < 2:966042/91‑1 CAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCAT > 1:1030220/1‑91 CAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCAT > 2:3391579/1‑91 CAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCAT < 1:2313521/91‑1 AGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATT < 1:895148/91‑1 GGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTT > 2:1294616/1‑91 GGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTT > 1:1259010/1‑91 GGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTT < 2:2406963/91‑1 GGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTT > 2:1294425/1‑91 GAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTA < 2:3783182/91‑1 GAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTA < 2:1874374/91‑1 GGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATG > 1:3124716/1‑91 GGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATG > 1:1611212/1‑91 TATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGT < 2:2605141/91‑1 TATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGT < 1:227110/91‑1 TATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGT > 2:2122354/1‑91 ATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT > 2:2655205/1‑91 ATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT < 1:1286704/91‑1 ATCATTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACATAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT < 1:3498741/91‑1 TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2483185‑2483085‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcaggaggtaTCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACA‑TTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2483126‑2483215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |