| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 181 (0.950) | 23 (0.140) | 12/136 | NT | 13.3% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 146 (0.900) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
AATTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACC > USA300TCH1516_ALE/2482995‑2483175 | aaccataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagat > 2:2655205‑M1/91‑91 (MQ=255) ttGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAC < 2:2913600‑M1/91‑1 (MQ=255) cataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcc > 1:1611212‑M1/88‑91 (MQ=255) taaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctc < 2:1874374‑M1/6‑1 (MQ=255) catcatGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTC < 1:1600391‑M1/91‑1 (MQ=255) atcatGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCC > 2:3491464‑M1/1‑91 (MQ=255) aaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcc > 2:1294425‑M1/85‑91 (MQ=255) tcatGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAACAATTCACTTTAATCTCTACCTCCT > 2:3801525‑M1/1‑91 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg > 2:3391579‑M1/83‑91 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg < 1:2313521‑M1/9‑1 (MQ=255) tgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGa < 2:2321600‑M1/10‑1 (MQ=255) tgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGa < 1:607185‑M1/10‑1 (MQ=255) atGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGA < 2:2213403‑M1/91‑1 (MQ=255) accatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGaaa < 1:1091144‑M1/12‑1 (MQ=255) aaTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACa < 1:2906792/91‑1 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTCTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTCCCTCCTGAAAAAACAt < 1:3619681/91‑1 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACAt > 2:1936341/1‑91 (MQ=255) aTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACAt > 2:3881234/1‑91 (MQ=255) cAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTc < 1:3634292/91‑1 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg < 2:2763898/91‑1 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg > 2:607185/1‑91 (MQ=255) ttCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGt > 2:256902/1‑91 (MQ=255) ttCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGt < 1:2472087/91‑1 (MQ=255) ttCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATGTCTGt > 2:3569387/1‑91 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttt > 2:2277840/1‑91 (MQ=255) acacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtttt < 1:1271036/91‑1 (MQ=255) acacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtttt < 1:2920111/91‑1 (MQ=255) acacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtttt > 1:3066906/1‑91 (MQ=255) aaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtttt > 1:2746761‑M1/65‑91 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:483314/1‑91 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:631084/1‑91 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt < 1:3025893/91‑1 (MQ=255) aattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:1007731‑M1/64‑91 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 1:2237394‑M1/63‑91 (MQ=255) ttttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt > 1:72299‑M1/62‑91 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttt < 2:2484967‑M1/91‑19 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttt < 2:3014790‑M1/91‑19 (MQ=255) cAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt < 2:1456053‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtt < 2:2667635‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtt > 1:564831‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt > 1:3539902‑M2/1‑88 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:20138‑M1/59‑91 (MQ=255) aGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttc < 1:1818405‑M1/91‑22 (MQ=255) aGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttc > 2:1571192‑M2/1‑87 (MQ=255) aGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttc > 1:1411297‑M2/1‑87 (MQ=255) gTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttca < 1:822521‑M1/91‑23 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttcag < 2:2401752‑M1/91‑24 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 1:3792753‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 2:481092‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 2:430256‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagg < 1:1659412‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagg < 2:917992‑M2/91‑8 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAATAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga < 2:3358190‑M2/91‑9 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga < 1:170896‑M2/91‑9 (MQ=255) aGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCGGAAAAAACATTTCTCTTTTTAtttcaggaggt < 1:3320253‑M2/91‑12 (MQ=255) gTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggta < 1:545796‑M1/91‑30 (MQ=255) tATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggtag < 2:130305‑M1/91‑31 (MQ=255) aTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc < 1:1825548/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 2:1090094/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 2:2308988/91‑1 (MQ=255) aaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt > 2:1349411‑M1/46‑91 (MQ=255) aaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt > 1:2364054‑M1/46‑91 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAGAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata < 2:661899/91‑1 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata > 2:1654970/1‑91 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata > 1:3694750/1‑91 (MQ=255) accTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTatat < 1:2177679/91‑1 (MQ=255) cTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 2:739313/84‑1 (MQ=255) cTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt > 1:739313/1‑84 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt < 2:958861/91‑1 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt > 2:3075423/1‑91 (MQ=255) 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atTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTaa > 1:3401769/1‑91 (MQ=255) ttCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAAc < 2:2094656/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAtt > 2:2920861/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATCTCTACCTCCCGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAtt < 1:3415125/91‑1 (MQ=255) cTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAttt > 2:2151990/1‑91 (MQ=255) cTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAttt > 1:1337475/1‑91 (MQ=255) aaTCTCTTCCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAGCATTTAAtt < 1:1952745/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt > 1:2849594/1‑91 (MQ=255) aaTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt < 1:1190511/91‑1 (MQ=255) aTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAttt > 2:2009931/1‑91 (MQ=255) tctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTa > 1:1518989/1‑91 (MQ=255) tctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTa > 1:941585/1‑91 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 1:2494851‑M1/91‑1 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 2:2838011‑M1/91‑1 (MQ=255) | AATTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACC > USA300TCH1516_ALE/2482995‑2483175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |