| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2494782 = | 188 (0.990) | 20 (0.120) | 13/138 | NT | 12.0% | intergenic (‑145/+62) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2494828 = | 131 (0.800) | intergenic (‑191/+16) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2494881‑2494782‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCA > USA300TCH1516_ALE/2494828‑2494916 GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT > 2:943508/1‑91GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT > 2:942240/1‑91GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT < 2:894589/91‑1GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT < 2:894581/91‑1GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT < 1:3437897/91‑1GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT < 1:3586587/91‑1GAAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGT > 1:575311/1‑91 AAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTA < 2:638388/91‑1 AAAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGACATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTA > 2:2962640/1‑91 AAACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTAT > 1:112985/1‑91 ACATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAG > 2:3695820/1‑91 CATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGC > 1:3508675/1‑91 CATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGC < 1:3129848/91‑1 ATAGCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCT < 2:3207308/91‑1 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GCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT > 2:3799891/1‑91 GCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT > 2:673082/1‑91 GCACAAAACGTACTGAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT > 2:805025/1‑91 GCACAAAACGTACTCAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT > 2:3295039/1‑91 GCACAAAACGTACTCAAGTGCCGTCATAATTTAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATT > 2:3293478/1‑91 TAATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTC > 2:29177/1‑91 AATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCA > 1:2493503/1‑91 AATAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCA > 1:1868401/1‑91 TAAATAGAAATAATAGCTATACAAGACGTTTGTAGCGAGCGTCATGGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGT > 1:164115/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2494881‑2494782‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCA > USA300TCH1516_ALE/2494828‑2494916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |