| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2681465 = | 113 (0.730) | intergenic (‑500/+79) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GTTTAAGTCAGTCCATCGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2681514‑2681410‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTC > USA300TCH1516_ALE/2681465‑2681554 GTTTAAGTCAGTCCATCGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCG < 1:1831639/91‑1GTTTAAGTCAGTCCATAGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAGCTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCG < 2:1569171/91‑1 TTTAAGTCAGTCCATCGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGT > 2:145799/1‑91 TTTAAGTCAGTCCATCGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGT > 2:2602084/1‑91 TTAAGTCAGTCCATCGTAGCGCTTAGATAAATTAATATGAACAAAAATAAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTG > 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USA300TCH1516_ALE/2681465‑2681554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |