| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2681410 = | 133 (0.700) | 12 (0.080) | 8/130 | NT | 9.8% | intergenic (‑445/+134) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2681465 = | 113 (0.730) | intergenic (‑500/+79) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCT > USA300TCH1516_ALE/2681375‑2681555 | gTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa > 1:1304102/1‑91 (MQ=255)gTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa > 1:1563288/1‑91 (MQ=255) ttATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAt < 2:2048727/91‑1 (MQ=255) tATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAtt < 1:2055555/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAttt < 2:531410/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTTTCATTAGACTGATGTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAttt < 1:2388528/91‑1 (MQ=255) aCTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGt > 1:2853289/1‑91 (MQ=255) aCTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGt < 2:1944327/91‑1 (MQ=255) aCTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGt < 1:178466/91‑1 (MQ=255) tttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCa > 1:1342194/1‑91 (MQ=255) tttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCa > 1:1629221/1‑91 (MQ=255) tttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGCGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCa > 2:3619897/1‑91 (MQ=255) ttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCat < 2:248581/91‑1 (MQ=255) ttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCat < 2:248564/91‑1 (MQ=255) tCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCata < 2:2086997/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 1:95906/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 2:2531946/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 1:850554/91‑1 (MQ=255) ttAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTa < 1:3818925/91‑1 (MQ=255) ttAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTa < 1:1859664/91‑1 (MQ=255) ttAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTa > 2:765791/1‑91 (MQ=255) aGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAt > 1:2598809/1‑91 (MQ=255) aGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAt < 1:908043/91‑1 (MQ=255) aGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAt < 2:1716235/91‑1 (MQ=255) gACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAtt < 2:1407649/91‑1 (MQ=255) cTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTa > 1:1009492/1‑91 (MQ=255) cTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTa < 1:3402073/91‑1 (MQ=255) tGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTAt < 2:3018761/91‑1 (MQ=255) ttACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTag > 2:3856541/1‑90 (MQ=255) cTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAgcg > 1:1724432/1‑91 (MQ=255) cTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAgcg > 2:2516436/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATATTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTa < 2:3671500/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTAc > 1:2747420/1‑91 (MQ=255) cAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACg < 2:260775/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGa < 2:1563288/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGa < 2:3884255/91‑1 (MQ=255) AAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATgg < 2:741464‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATgg < 2:3241044‑M1/91‑1 (MQ=255) AACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGga < 1:3044176‑M1/91‑1 (MQ=255) AACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGga < 2:668304‑M1/91‑1 (MQ=255) acttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgac > 2:904807‑M2/52‑91 (MQ=255) ACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgac > 2:568847‑M1/1‑91 (MQ=255) cttctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGACGgact > 2:3144331‑M2/51‑91 (MQ=255) CTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgact > 2:2853289‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactg < 2:3264395‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga < 1:2695337‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga > 2:1667925‑M1/1‑91 (MQ=255) CTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgac < 2:2329776‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgac < 2:2751742‑M1/91‑1 (MQ=255) tatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgact > 2:348248‑M2/47‑91 (MQ=255) TATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgact < 2:1773220‑M1/91‑1 (MQ=255) TATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgact > 2:2965233‑M1/1‑91 (MQ=255) TATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgact < 1:1071176‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGCAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTCATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt < 1:3215860‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt > 1:2512028‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt < 1:2010359‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt < 2:1221395‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt > 1:1854252‑M1/1‑91 (MQ=255) TCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa < 2:56356‑M1/91‑1 (MQ=255) CACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTaa > 1:5227‑M1/1‑91 (MQ=255) CACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTaa > 1:768265‑M1/1‑91 (MQ=255) ACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTaaa > 2:145799‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ttCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCGACGATTGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAAt < 1:3382462/91‑1 (MQ=255) tCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATc < 1:469158/91‑1 (MQ=255) ccTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCg > 2:147653/1‑91 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGc > 2:1134790/1‑91 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGc > 1:1268309/1‑91 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGc > 2:817943/1‑91 (MQ=255) tGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCt < 1:3707617/91‑1 (MQ=255) tATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTAt > 2:2655201/1‑91 (MQ=255) 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gatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCAttt < 1:765791‑M2/78‑1 (MQ=255) gatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCAttt < 1:3269992‑M2/78‑1 (MQ=255) gaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTAAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTa > 2:3503025‑M2/10‑91 (MQ=255) agtttttATTTTTTTTTTTATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTAtt > 2:1208007‑M2/8‑91 (MQ=255) gtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTAttg > 1:783382‑M2/7‑91 (MQ=255) gtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTAttg > 2:1350619‑M2/7‑91 (MQ=255) tttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTAttgt < 2:1724432‑M2/86‑1 (MQ=255) ttttATTTTTTTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTAttgtt > 2:2718328‑M2/5‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |