| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2693368 = | 153 (0.800) | 20 (0.120) | 11/136 | NT | 14.2% | intergenic (+39/+317) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 112 (0.690) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACACTATCGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2693469‑2693368‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTT > USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693506 AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACA < 1:1005806/91‑1AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACA < 1:863334/91‑1 TTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACACTA > 1:2335106/1‑91 TTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACACTA < 1:3418668/91‑1 TTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCCATAAGCACGTTAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTACACTA > 2:2957742/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |